Convert a SNP Effect Matrix to a position probability matrices (PPMs)
Source:R/convertSEMsToPPMs.R
convertSEMsToPPMs.RdConverts the SNP Effect Matrix in a SNPEffectMatrix or SNPEffectMatrixCollection object to a position probability matrix (PPM) where each entry is the probability of a base at each position in the motif.
Examples
# Load default SEMs
data(sc)
# From a SNPEffectMatrixCollection
convertSEMsToPPMs(sc)
#> $`AP2B_HUMAN.SK-N-SH`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.02082115 0.000000000 0.06043672 0.10093925 0.1896069 0.4878503 0.27678081
#> C 0.39580656 0.937011474 0.74198731 0.30599836 0.2701164 0.1481640 0.01655612
#> G 0.51469618 0.055203153 0.00000000 0.08796814 0.2748862 0.2632443 0.61054403
#> T 0.06867611 0.007785372 0.19757598 0.50509425 0.2653905 0.1007415 0.09611905
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.04768821 0.06081355 0.2510527
#> C 0.00000000 0.43987579 0.2871888
#> G 0.90984626 0.45983317 0.1987393
#> T 0.04246553 0.03947748 0.2630193
#>
#> $ARNT_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1305222 0.19612457 0.1736307 0.006291814 0.08732704 0 0.037019754
#> C 0.1006191 0.07595218 0.0933306 0.836150044 0.02647590 0 0.004394434
#> G 0.2645272 0.11880853 0.5523300 0.003846442 0.88619707 0 0.958585813
#> T 0.5043315 0.60911472 0.1807087 0.153711700 0.00000000 1 0.000000000
#> [,8] [,9]
#> A 0.30423831 0.2347183
#> C 0.49588109 0.3729120
#> G 0.02079039 0.2264343
#> T 0.17909021 0.1659354
#>
#> $ATF1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2093137 0.2219485 0.3613784 0.09143100 0.09269642 0.6923822 0.005755582
#> C 0.2930741 0.2497302 0.1756312 0.23071767 0.08160651 0.0471124 0.865866598
#> G 0.2296757 0.2748546 0.3291259 0.06151983 0.55434737 0.1306764 0.020049792
#> T 0.2679364 0.2534667 0.1338646 0.61633150 0.27134970 0.1298290 0.108328028
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.10261070 0.11460971 0.30651457 0.5561770
#> C 0.01800784 0.18180566 0.48433907 0.1150656
#> G 0.86184988 0.04935655 0.09944197 0.2067233
#> T 0.01753158 0.65422808 0.10970439 0.1220342
#>
#> $ATF2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2242373 0.38899338 0.07937319 0.04953843 0.60015672 0.00000000 0.06948414
#> C 0.2565500 0.19601399 0.24091902 0.12559164 0.14309451 0.87305494 0.06084518
#> G 0.3600007 0.32172081 0.12429986 0.57868560 0.17400418 0.05276248 0.86967068
#> T 0.1592120 0.09327182 0.55540794 0.24618434 0.08274459 0.07418257 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.07556941 0.25468462 0.56176294 0.08536371
#> C 0.18039027 0.57045900 0.12209209 0.31823527
#> G 0.13232978 0.12550003 0.24076953 0.18738478
#> T 0.61171054 0.04935635 0.07537543 0.40901624
#>
#> $ATF3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1317498 0.21736069 0.06768535 0.03509305 0.63138182 0 0.000000000
#> C 0.4083259 0.16808781 0.22628859 0.62692970 0.09450113 1 0.009839936
#> G 0.3353184 0.54564227 0.13376831 0.24410788 0.21873555 0 0.990160064
#> T 0.1246058 0.06890923 0.57225775 0.09386937 0.05538149 0 0.000000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.06225651 0.11438243 0.54618069 0.07899498
#> C 0.23310606 0.21883338 0.15328273 0.48630688
#> G 0.09960149 0.64057328 0.22449596 0.19783618
#> T 0.60503594 0.02621091 0.07604063 0.23686196
#>
#> $ATF4_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2659857 0.2062510 0.37900636 0.02221522 0.04856281 0.7259720 0.02803352
#> C 0.1870743 0.2236114 0.35071997 0.09884120 0.09542766 0.0000000 0.28289028
#> G 0.3738641 0.3492597 0.21594712 0.03359193 0.68934809 0.1212711 0.02534716
#> T 0.1730759 0.2208780 0.05432656 0.84535166 0.16666144 0.1527569 0.66372904
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.01118066 0.1854449 0.94070954 0.86238272 0.04560813
#> C 0.00000000 0.6001302 0.03206061 0.04122353 0.35926920
#> G 0.94925740 0.0000000 0.01288827 0.00000000 0.17729410
#> T 0.03956194 0.2144249 0.01434158 0.09639376 0.41782856
#>
#> $ATF6A_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2658872 0.2516427 0.3086642 0.2501309 0.2474662 0.3307250 0.1933857
#> C 0.1942260 0.3117945 0.2286382 0.2209141 0.2908194 0.1844366 0.3197555
#> G 0.2244331 0.2178825 0.2487802 0.3041747 0.2223140 0.2006762 0.2555624
#> T 0.3154537 0.2186803 0.2139174 0.2247804 0.2394004 0.2841623 0.2312963
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.00511901 0.00000000 0.09163911 0.10688611 0.2294646
#> C 0.71371959 0.14815858 0.65669882 0.35034127 0.2019178
#> G 0.26415047 0.80351523 0.25166207 0.47610920 0.4111469
#> T 0.01701093 0.04832619 0.00000000 0.06666342 0.1574706
#>
#> $BACH1_HUMAN.H1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1673828 0.12743321 0.28808634 0.01078388 0.03541993 0.89219440 0.06817132
#> C 0.2552124 0.22586199 0.45380532 0.13150078 0.03642130 0.06436516 0.43341294
#> G 0.1776176 0.56577635 0.20646997 0.06894400 0.74731973 0.02372341 0.43703789
#> T 0.3997872 0.08092845 0.05163836 0.78877133 0.18083904 0.01971704 0.06137785
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.02578409 0.18333699 0.77991244 0.04867013 0.07811305 0.3976684
#> C 0.02368014 0.74970081 0.06813835 0.21055092 0.55461110 0.1859484
#> G 0.06463231 0.03356111 0.13476173 0.45056663 0.23553503 0.2515239
#> T 0.88590345 0.03340108 0.01718749 0.29021232 0.13174082 0.1648594
#>
#> $`BACH2_HUMAN.SK-N-SH`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.4711507 0.77073894 0.13828762 0.06675615 0.2901539 0.4109846 0.78975306
#> C 0.1048217 0.01588995 0.18267656 0.32952780 0.2102333 0.1709339 0.00000000
#> G 0.1962599 0.04985444 0.04764955 0.15258263 0.2339220 0.2948012 0.12315090
#> T 0.2277677 0.16351668 0.63138627 0.45113342 0.2656908 0.1232803 0.08709604
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0 0.1777572 0.6898073 0.2362633
#> C 0 0.1535137 0.0000000 0.2213875
#> G 0 0.0392687 0.1231221 0.2897112
#> T 1 0.6294604 0.1870706 0.2526380
#>
#> $BATF_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3130220 0.2104971 0.1824421 0.2307962 0.2064748 0.2193574 0.2609565
#> C 0.2077152 0.2823151 0.1625481 0.3053812 0.2824256 0.3496672 0.1715224
#> G 0.2574942 0.2993756 0.2574654 0.1886260 0.1938398 0.1844610 0.3741292
#> T 0.2217685 0.2078122 0.3975444 0.2751966 0.3172597 0.2465144 0.1933920
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.3053760 0.3032948 0.4119693 0.04582331 0.03968825 0.88820301 0.1655981
#> C 0.1819497 0.1088071 0.1986867 0.04882110 0.08679868 0.01767384 0.3793495
#> G 0.2428549 0.2083342 0.1141396 0.00000000 0.60343976 0.01042801 0.3448629
#> T 0.2698194 0.3795639 0.2752044 0.90535559 0.27007331 0.08369515 0.1101896
#> [,15] [,16] [,17] [,18]
#> A 0.12571759 0.2736907 0.44436980 0.2369942
#> C 0.05798872 0.4192948 0.08960941 0.2196544
#> G 0.00000000 0.1830271 0.25561419 0.2607213
#> T 0.81629368 0.1239874 0.21040660 0.2826301
#>
#> $BC11A_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2524720 0.3101019 0.2222064 0.1950633 0.2259009 0.2187112 0.2223094
#> C 0.2439906 0.2097445 0.2671872 0.1645169 0.3225057 0.2910129 0.3242544
#> G 0.2494313 0.2739225 0.2813429 0.2527560 0.2082984 0.1948198 0.2056072
#> T 0.2541061 0.2062311 0.2292635 0.3876639 0.2432950 0.2954560 0.2478290
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.2660804 0.3057948 0.3240311 0.5177512 0 0.0000000 1 0.14575708
#> C 0.1708861 0.1616238 0.1004742 0.1625000 0 0.0865655 0 0.40512043
#> G 0.3640119 0.2293546 0.1823345 0.1050311 0 0.6531022 0 0.37015845
#> T 0.1990216 0.3032268 0.3931602 0.2147177 1 0.2603323 0 0.07896404
#> [,16] [,17]
#> A 0.1463379 0.27986490
#> C 0.0897356 0.44204188
#> G 0.0000000 0.18896353
#> T 0.7639265 0.08912968
#>
#> $BCL6_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2392541 0.2507906 0.2571769 0.1788276 0.06374263 0.02159921 0.00000000
#> C 0.2500297 0.1670258 0.4267210 0.1568259 0.10162020 0.08712794 0.94231966
#> G 0.2519720 0.3471950 0.1202183 0.1775085 0.06379491 0.00000000 0.00000000
#> T 0.2587442 0.2349886 0.1958838 0.4868379 0.77084226 0.89127285 0.05768034
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.06164608 0.56848601 0.23930978 0.11593937 0.86613968 0.85007294
#> C 0.37081522 0.04422397 0.15045349 0.00000000 0.00000000 0.04416042
#> G 0.22970928 0.03754997 0.55053654 0.84020620 0.08418947 0.02661672
#> T 0.33782941 0.34974005 0.05970019 0.04385443 0.04967085 0.07914992
#>
#> $BHA15_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]
#> A 0.1602003 0.1168773 0.3432647 0.3534116 0 0.5060953 0 0 0.0000000
#> C 0.3292595 0.3596697 0.2074358 0.3632859 1 0.2505726 0 1 0.2392794
#> G 0.3686327 0.3590381 0.2661858 0.2833025 0 0.2433321 1 0 0.2547805
#> T 0.1419076 0.1644148 0.1831138 0.0000000 0 0.0000000 0 0 0.5059402
#> [,10] [,11]
#> A 0 0.0000000
#> C 0 0.2933978
#> G 1 0.3358282
#> T 0 0.3707740
#>
#> $BHE40_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1977525 0.20025664 0.14906676 0.65261340 0 0 0.09775922 0.04143067
#> C 0.2628796 0.08948714 0.75658188 0.09919806 1 0 0.15792039 0.05355793
#> G 0.3220637 0.35534640 0.05407703 0.15644585 0 1 0.10055507 0.74068716
#> T 0.2173042 0.35490983 0.04027433 0.09174269 0 0 0.64376532 0.16432424
#> [,9] [,10]
#> A 0.3662920 0.2026600
#> C 0.3399482 0.3354859
#> G 0.0894590 0.2529327
#> T 0.2043008 0.2089214
#>
#> $BMAL1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1840661 0.2111428 0.09366228 0.61320337 0 0 0.08290043 0.03204751
#> C 0.2328000 0.2351885 0.74653560 0.09960966 1 0 0.20252907 0.12528966
#> G 0.3772605 0.2327940 0.12520942 0.20163672 0 1 0.09821807 0.75343823
#> T 0.2058734 0.3208747 0.03459271 0.08555025 0 0 0.61635243 0.08922461
#> [,9] [,10] [,11]
#> A 0.3282145 0.2074634 0.2058444
#> C 0.2261114 0.3782918 0.3017740
#> G 0.2356503 0.2338625 0.2638811
#> T 0.2100239 0.1803823 0.2285004
#>
#> $CEBPA_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2359390 0.38101393 0 0.005906811 0.2965178 0.11284103 0.26580894
#> C 0.2085617 0.19424000 0 0.008875697 0.0000000 0.51635641 0.08310659
#> G 0.2780991 0.35102876 0 0.268841723 0.4702003 0.08837263 0.54049921
#> T 0.2774002 0.07371732 1 0.716375770 0.2332818 0.28242993 0.11058526
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.2146919 0.7715207 1 0.0683059 0.2795623
#> C 0.4995048 0.2284793 0 0.3513453 0.2824734
#> G 0.0000000 0.0000000 0 0.1882678 0.2094298
#> T 0.2858033 0.0000000 0 0.3920811 0.2285345
#>
#> $CEBPB_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2233088 0.42548263 0.005884272 0.01421934 0.3175998 0.06812305 0.24803656
#> C 0.1900423 0.19033729 0.000000000 0.01952153 0.0000000 0.60890988 0.04313949
#> G 0.2889364 0.34685527 0.000000000 0.21232937 0.5016182 0.04676907 0.64389062
#> T 0.2977125 0.03732481 0.994115728 0.75392976 0.1807820 0.27619800 0.06493333
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.1650135 0.79745488 0.993990069 0.03191069 0.3018882
#> C 0.5496245 0.17175315 0.000000000 0.34268178 0.2948300
#> G 0.0000000 0.01637312 0.000000000 0.19169145 0.1859042
#> T 0.2853621 0.01441884 0.006009931 0.43371609 0.2173777
#>
#> $CEBPD_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.37331845 0.00000000 0.00000000 0.2578403 0.08788854 0.25292325 0.192483568
#> C 0.18410148 0.02107482 0.01948265 0.0000000 0.58225336 0.08989510 0.538736568
#> G 0.39649979 0.00000000 0.24499371 0.5647606 0.08611413 0.56274132 0.001106939
#> T 0.04608028 0.97892518 0.73552364 0.1773991 0.24374397 0.09444034 0.267672925
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.70685985 0.975074186 0.05478807 0.2517495
#> C 0.28134294 0.000532355 0.38556281 0.3023025
#> G 0.01179721 0.024393459 0.18454833 0.2211457
#> T 0.00000000 0.000000000 0.37510079 0.2248023
#>
#> $CEBPG_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.39535591 0 0.000000000 0.2983162 0.09797253 0.27302430 0.1747732
#> C 0.18150459 0 0.004225436 0.0000000 0.57291766 0.07780706 0.4957799
#> G 0.36718388 0 0.245010541 0.5380498 0.07650402 0.54607828 0.0000000
#> T 0.05595562 1 0.750764023 0.1636340 0.25260579 0.10309036 0.3294469
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.682213606 0.9890103 0.06166223 0.2674172 0.2182847
#> C 0.293448746 0.0000000 0.34901654 0.3031719 0.2767340
#> G 0.015379434 0.0109897 0.19338739 0.2051063 0.2738405
#> T 0.008958215 0.0000000 0.39593384 0.2243047 0.2311408
#>
#> $CLOCK_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1730958 0.1751781 0.1946435 0.2474877 0.11567415 0.74750066 0.00000000
#> C 0.3275258 0.2511951 0.2217603 0.1661626 0.76047675 0.00000000 0.91031934
#> G 0.3301697 0.3151408 0.3786002 0.2061309 0.08895622 0.19095982 0.00000000
#> T 0.1692087 0.2584861 0.2049961 0.3802188 0.03489289 0.06153952 0.08968066
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.0844028 0.057883129 0.02589949 0.3751209 0.2066782 0.2618719 0.1761342
#> C 0.0000000 0.181528462 0.09077579 0.2117238 0.3763483 0.3212418 0.3236108
#> G 0.9155972 0.001708609 0.76519084 0.1697395 0.2264013 0.2491188 0.3287542
#> T 0.0000000 0.758879800 0.11813388 0.2434158 0.1905721 0.1677675 0.1715008
#>
#> $COE1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2963527 0.3328839 0.1962107 0.1099773 0.06014667 0.04246472 0.10343754
#> C 0.1952088 0.1490876 0.2266985 0.2970189 0.72490532 0.75675456 0.73510397
#> G 0.2400802 0.2798635 0.3093146 0.1327877 0.07469363 0.00000000 0.02551753
#> T 0.2683583 0.2381651 0.2677762 0.4602160 0.14025437 0.20078072 0.13594096
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.28589809 0.3153400 0.13815124 0.20331910 0.12976960 0.4607162 0.2719000
#> C 0.30898562 0.0986480 0.02375561 0.00000000 0.07976676 0.1282508 0.3081670
#> G 0.09377568 0.3022407 0.72665678 0.75342896 0.73699256 0.2968631 0.2270087
#> T 0.31134061 0.2837712 0.11143637 0.04325195 0.05347107 0.1141700 0.1929244
#> [,15]
#> A 0.2294453
#> C 0.2893080
#> G 0.1510921
#> T 0.3301545
#>
#> $COT1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2733353 0.2527506 0.1853048 0.1595445 0.1924320 0.1955569 0.4150014
#> C 0.2616204 0.2203834 0.2460125 0.2472445 0.2891977 0.3948475 0.2264375
#> G 0.2642404 0.3655478 0.4040448 0.3593034 0.2134711 0.1782041 0.1771795
#> T 0.2008040 0.1613183 0.1646379 0.2339075 0.3048992 0.2313915 0.1813816
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.4032325 0.59991143 0.01096242 0.00000000 0.00000000 0.01035825 0.72521175
#> C 0.1482087 0.04523476 0.01219614 0.00000000 0.13842061 0.71979977 0.09154428
#> G 0.3277312 0.33357574 0.92523140 0.93424703 0.09435091 0.10842263 0.14220038
#> T 0.1208276 0.02127807 0.05161004 0.06575297 0.76722848 0.16141935 0.04104359
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.3008048 0.2802795 0.2088910
#> C 0.2565489 0.2403003 0.2288944
#> G 0.2434472 0.2858397 0.3486719
#> T 0.1991992 0.1935804 0.2135427
#>
#> $`COT2_HUMAN.MCF-7`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2190087 0.3247722 0.3374461 0.52839583 0.09543217 0.1333130 0.0000000
#> C 0.3130992 0.2388149 0.2205850 0.05283683 0.00000000 0.0000000 0.1348902
#> G 0.2184475 0.2158038 0.2567618 0.40708586 0.83052262 0.7517309 0.1417957
#> T 0.2494445 0.2206091 0.1852072 0.01168149 0.07404521 0.1149560 0.7233141
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.03357245 0.76081554 0.3041771 0.2732992 0.2292619 0.2218884
#> C 0.65990189 0.04435696 0.2110798 0.2808474 0.2180905 0.2536625
#> G 0.10721995 0.14761789 0.2669267 0.2830831 0.3140411 0.2652369
#> T 0.19930571 0.04720961 0.2178164 0.1627703 0.2386065 0.2592122
#>
#> $CREB1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1987913 0.2199553 0.3128773 0.1161692 0.1228973 0.5258690 0.00000000
#> C 0.2930283 0.2550558 0.2085400 0.2854466 0.1072794 0.1257245 0.95630143
#> G 0.2370807 0.2656914 0.3112820 0.1181050 0.4982079 0.1877830 0.00000000
#> T 0.2710997 0.2592975 0.1673008 0.4802792 0.2716155 0.1606234 0.04369857
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.05298722 0.1467649 0.3008888 0.4262594
#> C 0.00000000 0.2321606 0.4188360 0.1674217
#> G 0.94701278 0.1221506 0.1390939 0.2591034
#> T 0.00000000 0.4989239 0.1411813 0.1472155
#>
#> $CREB3L1_3
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1364206 0.1184325 0.1538295 0.1383916 0.4226137 0 0 0.1743030
#> C 0.3400633 0.2193804 0.3974402 0.2978678 0.1537143 1 0 0.2534005
#> G 0.2705524 0.4846342 0.1800305 0.3545743 0.2477353 0 1 0.1535390
#> T 0.2529637 0.1775528 0.2686997 0.2091662 0.1759367 0 0 0.4187575
#> [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.1998155 0.2761002 0.17214684 0.2395600
#> C 0.3574636 0.1760535 0.51918462 0.2660433
#> G 0.3091247 0.3926828 0.21179088 0.3696307
#> T 0.1335961 0.1551635 0.09687766 0.1247660
#>
#> $CREM_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2110853 0.2190450 0.2955855 0.1202101 0.1134221 0.5817579 0.00000000
#> C 0.3022831 0.2650665 0.2069973 0.2582242 0.1417814 0.1102716 0.97833302
#> G 0.2305865 0.2659788 0.3416052 0.1081509 0.4845531 0.1745933 0.00000000
#> T 0.2560450 0.2499098 0.1558120 0.5134148 0.2602434 0.1333772 0.02166698
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.02070455 0.1247809 0.2829856 0.4729881
#> C 0.00000000 0.2005996 0.4470511 0.1379882
#> G 0.97929545 0.1113059 0.1490805 0.2533117
#> T 0.00000000 0.5633136 0.1208829 0.1357120
#>
#> $CTCF_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1823959 0.2043554 0.2614768 0.2365438 0.08213027 0.3046371 0.1501697
#> C 0.2950204 0.2724813 0.1813270 0.4620087 0.86760814 0.2207110 0.3632354
#> G 0.2481323 0.2980925 0.3447251 0.1310497 0.00000000 0.2936658 0.2836045
#> T 0.2744515 0.2250707 0.2124711 0.1703978 0.05026159 0.1809860 0.2029905
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2063486 0.45374543 0.2157187 0.3273825 0.1516317 0.09599125 0.1815434
#> C 0.3617394 0.08362334 0.0686141 0.1632853 0.1729145 0.00000000 0.1177387
#> G 0.1282495 0.13367716 0.5192622 0.3979139 0.3692276 0.83191238 0.4785047
#> T 0.3036625 0.32895407 0.1964050 0.1114184 0.3062261 0.07209636 0.2222132
#> [,15] [,16] [,17] [,18] [,19]
#> A 0.2276618 0.2670161 0.2276719 0.2114398 0.2536611
#> C 0.4343804 0.2072014 0.3313459 0.3163131 0.2798282
#> G 0.1000906 0.3573344 0.2561374 0.1952254 0.2632527
#> T 0.2378672 0.1684480 0.1848449 0.2770216 0.2032580
#>
#> $CUX1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2360259 0.2683782 0.3182104 0.2464487 0.1979128 0.2424594 0.82250963
#> C 0.2644478 0.2184667 0.2226301 0.2522447 0.2433909 0.1553838 0.02482625
#> G 0.2149401 0.2824412 0.2621072 0.2234921 0.2267079 0.3100767 0.08439195
#> T 0.2845862 0.2307139 0.1970523 0.2778146 0.3319884 0.2920801 0.06827217
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.04669234 0.04766247 0.26275592 0.87855145 0.07263604 0.2821795 0.3251485
#> C 0.01851663 0.66805146 0.01694313 0.03934584 0.08948035 0.3217184 0.2303907
#> G 0.02802146 0.01544096 0.67389511 0.02754413 0.03294182 0.1539140 0.2499088
#> T 0.90676957 0.26884511 0.04640585 0.05455858 0.80494179 0.2421881 0.1945520
#>
#> $DBP_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2584429 0.2375282 0.2053074 0.2717056 0.1605017 0.0771992 0.2106027
#> C 0.2332084 0.2373829 0.2867970 0.2335031 0.4990738 0.2154576 0.3487700
#> G 0.2432534 0.2602894 0.2436925 0.2579407 0.2036503 0.5997869 0.1893492
#> T 0.2650952 0.2647995 0.2642032 0.2368506 0.1367743 0.1075563 0.2512781
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.2380189 0.2584402 0.1186706 0.1340825
#> C 0.2566901 0.1891765 0.5448340 0.2291782
#> G 0.2594777 0.3424300 0.1850893 0.4959016
#> T 0.2458134 0.2099534 0.1514061 0.1408377
#>
#> $`E2F1_HUMAN.MCF-7`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2452974 0.2423809 0.2579865 0.2295344 0.2015379 0.09268241 0.1568759
#> C 0.2602626 0.2252891 0.2741983 0.2055875 0.4149032 0.22054913 0.5969617
#> G 0.2361736 0.2605525 0.2195765 0.3195923 0.2106517 0.54021772 0.1437636
#> T 0.2582664 0.2717775 0.2482387 0.2452858 0.1729073 0.14655074 0.1023989
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1364027 0.1752361 0.1921471 0.2655010 0.2564526 0.2728815 0.2550946
#> C 0.1427182 0.4634544 0.2177434 0.2957032 0.2222617 0.2516175 0.2409200
#> G 0.5546128 0.2275123 0.3689923 0.2063283 0.2633954 0.2326808 0.2623385
#> T 0.1662663 0.1337972 0.2211173 0.2324675 0.2578904 0.2428202 0.2416470
#>
#> $E2F2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2538092 0.1883484 0.1174937 0.01437161 0.08516438 0.1450898 0.2539987
#> C 0.2767787 0.2543136 0.5955375 0.20322750 0.66696126 0.1962628 0.3012384
#> G 0.2258393 0.3337380 0.1607726 0.69918776 0.24787436 0.5059800 0.2640692
#> T 0.2435728 0.2235999 0.1261962 0.08321312 0.00000000 0.1526674 0.1806937
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.2579610 0.3054653 0.2648471
#> C 0.2272333 0.2259713 0.2380703
#> G 0.2522245 0.2342696 0.2170087
#> T 0.2625812 0.2342938 0.2800740
#>
#> $E2F3_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2278258 0.2122210 0.1680715 0.0823514 0.00000000 0.0000000 0.10481473
#> C 0.2258045 0.2092135 0.3919568 0.2444407 0.98204567 0.1525408 0.50133350
#> G 0.1820173 0.2151867 0.3397724 0.5584520 0.01795433 0.8474592 0.37834584
#> T 0.3643523 0.3633788 0.1001993 0.1147559 0.00000000 0.0000000 0.01550593
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.1211143 0.4384176 0.4221327 0.3759252
#> C 0.2541587 0.2414439 0.1724096 0.2289792
#> G 0.5153756 0.1405653 0.2086018 0.2015154
#> T 0.1093514 0.1795731 0.1968559 0.1935803
#>
#> $E2F4_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2430901 0.2515211 0.2058178 0.1626695 0.07018127 0.02679043 0.00000000
#> C 0.2403432 0.2292794 0.2369339 0.4242678 0.24623206 0.82300208 0.23057352
#> G 0.2141490 0.2274121 0.2546097 0.2872466 0.53105008 0.15020748 0.75827406
#> T 0.3024178 0.2917874 0.3026387 0.1258161 0.15253660 0.00000000 0.01115242
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.18394745 0.1572490 0.3423098 0.3247417 0.3304443 0.2577920
#> C 0.43765276 0.2416068 0.2566318 0.2094912 0.1944354 0.2347687
#> G 0.30209843 0.4177956 0.2069465 0.2282179 0.2197621 0.2034218
#> T 0.07630136 0.1833486 0.1941120 0.2375493 0.2553582 0.3040175
#>
#> $E2F5_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1948323 0.09593479 0.0000000 0.0000000 0.15842110 0.1458891 0.3709641
#> C 0.3843644 0.23280554 0.8478313 0.2168222 0.51446432 0.2241403 0.2513899
#> G 0.2790132 0.50183458 0.1521687 0.7831778 0.30357814 0.4934901 0.2106044
#> T 0.1417901 0.16942509 0.0000000 0.0000000 0.02353644 0.1364805 0.1670415
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.3415228 0.3377449 0.2525110
#> C 0.2075308 0.2041459 0.2368268
#> G 0.2360525 0.2247265 0.2074692
#> T 0.2148939 0.2333826 0.3031930
#>
#> $E2F6_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2275137 0.2659010 0.1453018 0.3013964 0.09632342 0.2402516 0.1704700
#> C 0.3023739 0.2186988 0.4706600 0.1357084 0.53749187 0.1291235 0.3254641
#> G 0.2416578 0.3078885 0.1623885 0.4383857 0.10357665 0.5115570 0.1903889
#> T 0.2284547 0.2075117 0.2216497 0.1245095 0.26260806 0.1190679 0.3136771
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.2363626 0.2524525 0.2402111 0.2535558 0.2269266 0.2441024
#> C 0.2064984 0.2820286 0.2456382 0.2586181 0.2607278 0.2578125
#> G 0.3523105 0.2239662 0.2747387 0.2562570 0.2753634 0.2705927
#> T 0.2048286 0.2415527 0.2394120 0.2315690 0.2369822 0.2274924
#>
#> $E2F7_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1573820 0.18506560 0.03018584 0.03881025 0.000000000 0.000000000 0.0204919
#> C 0.1313389 0.08412868 0.60579208 0.20788045 0.969192676 0.005461020 0.6736386
#> G 0.1419673 0.08533317 0.31634420 0.72482076 0.009842077 0.985055675 0.2639131
#> T 0.5693119 0.64547254 0.04767787 0.02848854 0.020965247 0.009483305 0.0419564
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.08607024 0.67897404 0.5810317 0.5715868 0.3150230 0.1777821
#> C 0.35962365 0.09699480 0.1288719 0.1102354 0.1810023 0.3739840
#> G 0.52889799 0.05767687 0.1017895 0.1875845 0.1840848 0.2080911
#> T 0.02540813 0.16635429 0.1883069 0.1305932 0.3198899 0.2401429
#>
#> $ELF1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2260844 0.3029384 0.3456976 0.2642511 0.11299755 0.0000000 0.00000000
#> C 0.2659478 0.2315109 0.1821329 0.2989056 0.51437846 0.9484929 0.09764279
#> G 0.2940245 0.2594921 0.2019123 0.2092249 0.28929378 0.0515071 0.90235721
#> T 0.2139433 0.2060586 0.2702572 0.2276184 0.08333021 0.0000000 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.02924581 0.6475069 0.6231831 0.2118905 0.1589572 0.2472644 0.2228752
#> C 0.14930814 0.1135471 0.1504597 0.1834871 0.2755506 0.2410665 0.2725494
#> G 0.80467246 0.1150504 0.1094516 0.5100343 0.1188907 0.3540733 0.3338498
#> T 0.01677359 0.1238956 0.1169055 0.0945881 0.4466015 0.1575958 0.1707256
#>
#> $ELF2_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3356847 0.3122076 0.2061964 0.1412893 0.00000000 0.0000000 0.08356389
#> C 0.2464866 0.1910062 0.2861878 0.3741144 0.98490962 0.1218733 0.10480509
#> G 0.2354397 0.2545373 0.3238974 0.3706807 0.01509038 0.8781267 0.73206581
#> T 0.1823890 0.2422489 0.1837185 0.1139156 0.00000000 0.0000000 0.07956521
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.67147438 0.66757280 0.2178704 0.1732042 0.2802274 0.2101016
#> C 0.09820462 0.14843266 0.1770779 0.2096490 0.2141298 0.2604765
#> G 0.07486346 0.08508749 0.5036491 0.1049419 0.3009377 0.3214800
#> T 0.15545755 0.09890705 0.1014026 0.5122049 0.2047051 0.2079420
#>
#> $ELF3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2278081 0.2764642 0.4212753 0.2253046 0.18942784 0.25484262 0.0000000
#> C 0.2664864 0.2496708 0.1536288 0.3451503 0.43129362 0.66430323 0.1172852
#> G 0.2900789 0.2413681 0.1722708 0.2369323 0.34745781 0.08085415 0.8827148
#> T 0.2156265 0.2324969 0.2528251 0.1926128 0.03182073 0.00000000 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.00000000 0.78052154 0.67080016 0.2979816 0.1345915 0.2937531 0.2529247
#> C 0.04288878 0.08752361 0.13706262 0.1793495 0.2850101 0.2043523 0.2642420
#> G 0.95711122 0.11393802 0.08589604 0.5226689 0.1257969 0.2925573 0.2909461
#> T 0.00000000 0.01801683 0.10624118 0.0000000 0.4546015 0.2093373 0.1918872
#>
#> $ELF4_1.2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3337672 0.3360590 0.2880923 0.1266731 0.05641358 0.00000000 0.08557275
#> C 0.2114964 0.1943860 0.2805709 0.5023494 0.87133425 0.08738103 0.10451153
#> G 0.2395238 0.1951238 0.2237178 0.2614247 0.07225216 0.91261897 0.76460308
#> T 0.2152125 0.2744311 0.2076191 0.1095528 0.00000000 0.00000000 0.04531265
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.73418835 0.72340295 0.2397248 0.16269859 0.3009384
#> C 0.06201249 0.12783112 0.1452817 0.25641558 0.2025217
#> G 0.08240287 0.06272891 0.4830065 0.09786826 0.3179317
#> T 0.12139629 0.08603701 0.1319871 0.48301757 0.1786082
#>
#> $ELK1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.3176755 0.09245266 0 0.0000000 0.000000000 0.5708475 0.5512083 0.2126094
#> C 0.1794532 0.56899105 1 0.1491113 0.114153132 0.1511738 0.1762155 0.2061816
#> G 0.2904203 0.23584008 0 0.8508887 0.884066230 0.1433316 0.1379462 0.4621031
#> T 0.2124510 0.10271620 0 0.0000000 0.001780638 0.1346471 0.1346301 0.1191060
#> [,9] [,10] [,11]
#> A 0.1414732 0.2473572 0.2281390
#> C 0.2664290 0.2269579 0.2850606
#> G 0.1417959 0.3294005 0.2845019
#> T 0.4503020 0.1962844 0.2022984
#>
#> $ERR1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1934285 0.1410537 0.18511125 0.5844832 0.6211151 0.000000 0 0.1121948
#> C 0.2719213 0.3338649 0.54082542 0.1422629 0.1940881 0.160144 0 0.1027566
#> G 0.3392702 0.1797016 0.23775824 0.2366439 0.1847967 0.839856 1 0.1549673
#> T 0.1953801 0.3453798 0.03630509 0.0366100 0.0000000 0.000000 0 0.6300812
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.00000000 0.5922244 0.2315975 0.2312645 0.1707527 0.2139170 0.1777711
#> C 0.97694506 0.1378919 0.2962643 0.3041219 0.2863131 0.2773790 0.3057261
#> G 0.02305494 0.2698837 0.2516451 0.2654096 0.3444598 0.2846895 0.3611314
#> T 0.00000000 0.0000000 0.2204932 0.1992040 0.1984743 0.2240144 0.1553714
#>
#> $ESR1_T47D
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2415372 0.49128905 0.1721732 0.20635375 0.13664783 0.04465429 0.70616793
#> C 0.3640721 0.09816143 0.0000000 0.03121556 0.07009084 0.69491375 0.00000000
#> G 0.1354856 0.29401572 0.6322957 0.66334856 0.19021330 0.03086662 0.20548423
#> T 0.2589052 0.11653380 0.1955311 0.09908212 0.60304803 0.22956535 0.08834784
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2104661 0.2094750 0.2204752 0.08876738 0.23345552 0.6025887 0.10045998
#> C 0.2948386 0.2888537 0.2755256 0.20505367 0.03133543 0.1927115 0.66235001
#> G 0.2756826 0.2905664 0.2951840 0.00000000 0.69345620 0.0680222 0.03076451
#> T 0.2190127 0.2111049 0.2088152 0.70617896 0.04175284 0.1366776 0.20642550
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.1946627 0.11572238 0.2562384
#> C 0.6341950 0.29535891 0.1353283
#> G 0.0000000 0.09639411 0.3657711
#> T 0.1711423 0.49252460 0.2426623
#>
#> $ETS1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2687457 0.1869812 0.2714657 0.1711659 0.00000000 0.0000000 0.069294440
#> C 0.2966823 0.3324760 0.1894165 0.4252441 0.96219344 0.1849738 0.161809814
#> G 0.2531622 0.2557279 0.3407142 0.2434329 0.03780656 0.8150262 0.759749109
#> T 0.1814098 0.2248149 0.1984035 0.1601572 0.00000000 0.0000000 0.009146637
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.5003113 0.5144845 0.3135975 0.1736229 0.2346680 0.2365793
#> C 0.1485995 0.1741508 0.1917994 0.2576298 0.2414023 0.2521697
#> G 0.2033924 0.1265396 0.3686830 0.1532362 0.2696251 0.3226200
#> T 0.1476968 0.1848250 0.1259201 0.4155111 0.2543046 0.1886310
#>
#> $ETV1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2326317 0.3850368 0.13256196 0.17148009 0.00000000 0.01689224 0.91891765
#> C 0.2619258 0.1242941 0.60157488 0.80542286 0.01631481 0.02893897 0.01419959
#> G 0.2897883 0.2623372 0.19655824 0.02309705 0.98368519 0.93878614 0.00000000
#> T 0.2156541 0.2283319 0.06930492 0.00000000 0.00000000 0.01538266 0.06688276
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.6388133 0.2800460 0.1034659 0.2805507
#> C 0.0706090 0.1560965 0.2950900 0.1924212
#> G 0.0259291 0.5045385 0.1190147 0.3186857
#> T 0.2646486 0.0593189 0.4824294 0.2083423
#>
#> $ETV4_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1950979 0.3340287 0.08507887 0.03458406 0.00000000 0.0000000 0.6438793
#> C 0.2817740 0.1643234 0.64015054 0.90091715 0.09238695 0.1073592 0.1371740
#> G 0.2976802 0.2715370 0.23406765 0.06449878 0.90761305 0.8926408 0.1092826
#> T 0.2254480 0.2301109 0.04070295 0.00000000 0.00000000 0.0000000 0.1096640
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.5099475 0.24400456 0.1205773 0.2626502
#> C 0.1602691 0.18966719 0.3059377 0.2142691
#> G 0.1177414 0.50302693 0.1577193 0.3363862
#> T 0.2120419 0.06330132 0.4157656 0.1866945
#>
#> $ETV5_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2417647 0.2152863 0.3258070 0.12316239 0.09244534 0.00000000 0.0000000
#> C 0.2899139 0.2635191 0.1685742 0.57507995 0.84285920 0.09511466 0.1039882
#> G 0.2531214 0.2915842 0.2623961 0.22784448 0.06469546 0.90488534 0.8960118
#> T 0.2152000 0.2296104 0.2432227 0.07391318 0.00000000 0.00000000 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.6406528 0.4984187 0.26753813 0.1451541 0.2697793 0.2649427 0.2428498
#> C 0.1246307 0.1389714 0.18903097 0.2836649 0.2168976 0.2478792 0.2743840
#> G 0.1044572 0.1121777 0.47068611 0.1628833 0.3070333 0.2741478 0.2618980
#> T 0.1302593 0.2504322 0.07274479 0.4082977 0.2062898 0.2130304 0.2208682
#>
#> $ETV6_1_K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2707578 0.2464908 0.2061800 0.2307354 0.3236428 0.3807240 0.1504847
#> C 0.2786795 0.2813848 0.2750617 0.2181738 0.1681123 0.2620489 0.4396114
#> G 0.2497178 0.2562396 0.3212521 0.2856754 0.2347722 0.2303233 0.3040770
#> T 0.2008449 0.2158848 0.1975062 0.2654154 0.2734727 0.1269038 0.1058268
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.183371403 0.00000000 0.04983219 0.853697532 0.79421362 0.31233258 0.1381969
#> C 0.686507229 0.01496822 0.02637924 0.070910756 0.11042758 0.13063086 0.2974223
#> G 0.129188783 0.98503178 0.92378857 0.073514806 0.07807597 0.53907061 0.1168273
#> T 0.000932584 0.00000000 0.00000000 0.001876906 0.01728283 0.01796595 0.4475535
#> [,15]
#> A 0.2929571
#> C 0.1789645
#> G 0.3791793
#> T 0.1488991
#>
#> $EVI1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2111037 0.2276244 0.2604715 0.3748394 0.2520148 0.3460743 0.55823056
#> C 0.2630218 0.2313862 0.2083185 0.2018050 0.2800565 0.2245854 0.01437538
#> G 0.2639946 0.2553093 0.3453626 0.2229196 0.2199182 0.2932416 0.10181613
#> T 0.2618799 0.2856801 0.1858474 0.2004360 0.2480105 0.1360987 0.32557792
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.0000000 1 0.0000000 0.7057273 0.4898971 0.2281136 0.3285063 0.2084538
#> C 0.0584357 0 0.2319826 0.0000000 0.1447836 0.2570162 0.2436416 0.2136549
#> G 0.9415643 0 0.0000000 0.1830233 0.1840261 0.3128758 0.2419488 0.2613524
#> T 0.0000000 0 0.7680174 0.1112494 0.1812933 0.2019944 0.1859033 0.3165390
#> [,16]
#> A 0.2812261
#> C 0.1842368
#> G 0.3147670
#> T 0.2197701
#>
#> $FEZF1_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3480747 0.2772346 0.3563454 0.2521719 0.21000474 0.1281808 0.23776312
#> C 0.1983314 0.2715927 0.2017547 0.2583615 0.34299879 0.4008877 0.44233172
#> G 0.2149338 0.2066653 0.2529607 0.2394685 0.36676429 0.0166437 0.08205533
#> T 0.2386601 0.2445073 0.1889392 0.2499982 0.08023219 0.4542878 0.23784983
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.7006513 0 0.7384738 0.7791467 0.80159398
#> C 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 0.09922908
#> G 0.2993487 0 0.0000000 0.0000000 0.00000000
#> T 0.0000000 1 0.2615262 0.2208533 0.09917694
#>
#> $FOSL1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1986558 0.2215292 0.38350219 0.041852113 0.00576392 0.89839300 0.08077419
#> C 0.2731277 0.2156849 0.18828464 0.031912191 0.09362437 0.02780964 0.41918207
#> G 0.3163223 0.3270939 0.36715249 0.003896136 0.78691704 0.02983639 0.41616969
#> T 0.2118942 0.2356920 0.06106067 0.922339560 0.11369466 0.04396097 0.08387405
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.04948686 0.114236023 0.913889915 0.06002585 0.2358411
#> C 0.03660168 0.794021558 0.005725189 0.36495658 0.3217659
#> G 0.03128765 0.081781126 0.038120492 0.18777901 0.2205372
#> T 0.88262380 0.009961293 0.042264404 0.38723856 0.2218557
#>
#> $FOSL2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2004913 0.2116557 0.38960630 0.0000000000 0.00000000 0.89263708 0.09441298
#> C 0.2822623 0.2260736 0.21039859 0.0675212865 0.06618477 0.04698812 0.40638232
#> G 0.3005376 0.3545608 0.34499698 0.0005687022 0.84830773 0.03874735 0.39861652
#> T 0.2167088 0.2077099 0.05499813 0.9319100112 0.08550750 0.02162745 0.10058819
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.02439984 0.08448516 0.922287163 0.05481089 0.2094763
#> C 0.04080975 0.85806730 0.003531438 0.34688765 0.3500644
#> G 0.04614088 0.05744754 0.074181399 0.20847244 0.2282413
#> T 0.88864953 0.00000000 0.000000000 0.38982903 0.2122180
#>
#> $FOXA2_HUMAN.liver
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.059830504 0.400445557 0.03351263 0.0000000 0.0000000 0.90354796 0.1143306
#> C 0.056842069 0.001818589 0.00000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 0.7053106
#> G 0.008794043 0.597735854 0.00000000 0.1340419 0.3645622 0.09645204 0.0000000
#> T 0.874533384 0.000000000 0.96648737 0.8659581 0.6354378 0.00000000 0.1803587
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.39767873 0.1413292 0.39552556 0.2468531 0.1895137
#> C 0.23300984 0.3321791 0.08898193 0.2415537 0.2960609
#> G 0.04275462 0.1940609 0.15793541 0.3303219 0.2904614
#> T 0.32655681 0.3324308 0.35755710 0.1812713 0.2239640
#>
#> $FOXA3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2323383 0.2641065 0.10760852 0.38772367 0.05996527 0.16686949 0.1488618
#> C 0.3117075 0.2457021 0.07783481 0.01319472 0.00000000 0.05112762 0.0317663
#> G 0.2498035 0.2473183 0.00000000 0.59908161 0.00000000 0.20801820 0.2972117
#> T 0.2061507 0.2428730 0.81455666 0.00000000 0.94003473 0.57398469 0.5221602
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.74105228 0.14156959 0.36258810 0.1706079 0.3573297 0.2498455
#> C 0.00000000 0.61879019 0.24113762 0.3048521 0.1381831 0.2336716
#> G 0.24748064 0.03209463 0.09819972 0.1906982 0.1821579 0.3071347
#> T 0.01146708 0.20754559 0.29807456 0.3338418 0.3223294 0.2093482
#>
#> $FOXC1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.09916763 0.1293469 0.2384772 0.2274038 0.2629585 0.2807658 0.2319861
#> C 0.51032133 0.2014171 0.2995166 0.2476584 0.2197638 0.2098342 0.2836283
#> G 0.24346737 0.5186342 0.1968386 0.2694156 0.2987362 0.2224197 0.2287761
#> T 0.14704368 0.1506017 0.2651676 0.2555222 0.2185415 0.2869802 0.2556095
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2688116 0.2899156 0.1561471 0.1252274 0.2391543 0.2534790 0.2381216
#> C 0.2701767 0.1869152 0.5033038 0.2240433 0.2705270 0.2510027 0.2373433
#> G 0.2049432 0.2975546 0.1842609 0.5273872 0.2195394 0.2395650 0.3012196
#> T 0.2560685 0.2256146 0.1562882 0.1233421 0.2707793 0.2559532 0.2233155
#> [,15]
#> A 0.2086027
#> C 0.2545202
#> G 0.2533039
#> T 0.2835732
#>
#> $FOXJ2_3
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3140596 0.2019527 0.3380023 0.20470472 0.33335958 0.1722600 0.3326399
#> C 0.1797568 0.3950107 0.1303347 0.57286742 0.09564070 0.4956063 0.1276243
#> G 0.2883068 0.1873936 0.3975335 0.01411195 0.47731664 0.0938852 0.4152957
#> T 0.2178768 0.2156429 0.1341295 0.20831590 0.09368307 0.2382485 0.1244401
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.1710424 0.3084521 0.1690074 0.3087788 0.2139428 0.2816998
#> C 0.4324703 0.1589050 0.4588042 0.1322175 0.4371540 0.1672852
#> G 0.1734019 0.3763910 0.2068799 0.3998469 0.2141802 0.3491773
#> T 0.2230855 0.1562519 0.1653084 0.1591568 0.1347231 0.2018377
#>
#> $FOXJ3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2864456 0.10116956 0.437476735 0 0.0000000 0.01657705 0.61891806
#> C 0.2611427 0.02196328 0.008157538 0 0.0000000 0.00000000 0.00000000
#> G 0.2303561 0.00000000 0.554365728 0 0.1204776 0.35764941 0.30444347
#> T 0.2220557 0.87686716 0.000000000 1 0.8795224 0.62577354 0.07663847
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.12646168 0.2662905 0.1930807 0.2771579 0.2435521 0.2054579
#> C 0.48910167 0.2937928 0.2818649 0.1786360 0.2508890 0.2815670
#> G 0.08013381 0.1380628 0.2234422 0.2264164 0.2648184 0.2898554
#> T 0.30430285 0.3018539 0.3016121 0.3177897 0.2407406 0.2231197
#>
#> $FOXK1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1982352 0.4016213 0.1127128 0.1947834 0.1570399 0.1124206 0.00000000
#> C 0.3319805 0.1480873 0.4212511 0.1574091 0.1464464 0.4880762 0.93033123
#> G 0.2133434 0.3063594 0.2146010 0.2101945 0.1791861 0.2570726 0.06966877
#> T 0.2564409 0.1439320 0.2514351 0.4376131 0.5173276 0.1424306 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.00000000 0.1365858 0.2093615
#> C 0.05669498 0.3069947 0.2702777
#> G 0.94330502 0.4204061 0.2456057
#> T 0.00000000 0.1360133 0.2747552
#>
#> $FOXM1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2207331 0.1640442 0.2303733 0.2989900 0.08593859 0.02355515 0.1316755
#> C 0.2319855 0.2434715 0.2356036 0.2474955 0.63110642 0.10735491 0.6421350
#> G 0.2250626 0.3353666 0.2073195 0.2423464 0.16808873 0.77353003 0.1296732
#> T 0.3222188 0.2571177 0.3267036 0.2111682 0.11486626 0.09555991 0.0965164
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.1527834 0.2649543 0.2177941 0.2358578 0.2158843
#> C 0.2286352 0.2057039 0.2355826 0.2045632 0.3166513
#> G 0.4965976 0.2593410 0.2015958 0.3080992 0.2101559
#> T 0.1219838 0.2700008 0.3450276 0.2514798 0.2573085
#>
#> $FOXO1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2481251 0.2124394 0.1391165 0.1494552 0.01857878 0.05505792 0.00000000
#> C 0.2788518 0.2785730 0.3597084 0.3111292 0.28445457 0.00000000 0.16943948
#> G 0.2690810 0.2949286 0.3314129 0.2907258 0.08288362 0.94494208 0.05147887
#> T 0.2039421 0.2140590 0.1697623 0.2486898 0.61408303 0.00000000 0.77908165
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.00000000 0.00000000 0.58384955 0.00000000 0.2314034
#> C 0.03819814 0.05718694 0.09793498 0.68373429 0.2895175
#> G 0.20367652 0.33276027 0.18722498 0.06545559 0.2684199
#> T 0.75812534 0.61005278 0.13099049 0.25081012 0.2106591
#>
#> $FOXP1_HUMAN.WTC11
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1690982 0.31242991 0.08812293 0.20824455 0.2318111 0.2381081 0.2826886
#> C 0.4849687 0.07898495 0.73170601 0.08041834 0.2826008 0.2274293 0.2471048
#> G 0.1441006 0.45420129 0.04881945 0.62058059 0.1634015 0.3170400 0.2611025
#> T 0.2018325 0.15438386 0.13135162 0.09075651 0.3221866 0.2174226 0.2091040
#> [,8] [,9]
#> A 0.2311721 0.2343490
#> C 0.2932039 0.2627373
#> G 0.2123440 0.3171639
#> T 0.2632800 0.1857497
#>
#> $`FOXP2_HUMAN.SK-N-MC`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1277843 0.07288176 0.03993991 0.09524981 0.1074662 0.04224293 0.5341919
#> C 0.2796348 0.23483075 0.00000000 0.20942745 0.1048083 0.13691038 0.1683151
#> G 0.3300431 0.15287193 0.96006009 0.11809031 0.2783043 0.30895120 0.2021717
#> T 0.2625379 0.53941555 0.00000000 0.57723243 0.5094212 0.51189549 0.0953212
#> [,8] [,9]
#> A 0.0000000 0.2367068
#> C 0.5994509 0.2755307
#> G 0.1433772 0.2605556
#> T 0.2571719 0.2272069
#>
#> $FOXQ1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2025748 0.2607509 0.1938233 0.2770067 0.16204733 0.06361188 0.09717013
#> C 0.2925398 0.2401247 0.3562805 0.1367189 0.04832174 0.10029046 0.00000000
#> G 0.2854165 0.3210705 0.2220360 0.1769593 0.78963094 0.04896264 0.23716924
#> T 0.2194689 0.1780539 0.2278601 0.4093151 0.00000000 0.78713502 0.66566063
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.01475377 0.8144793 0.16762268 0.4021092 0.1316195
#> C 0.02713060 0.0000000 0.39699502 0.2081619 0.3458888
#> G 0.15793227 0.1855207 0.04657666 0.1541671 0.1589149
#> T 0.80018337 0.0000000 0.38880563 0.2355618 0.3635768
#>
#> $GABPA_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2164336 0.2297311 0.2450966 0.3193945 0.1430424 0.00000000 0.0000000
#> C 0.2592808 0.2764675 0.3035390 0.2240637 0.4830059 0.98080847 0.1177069
#> G 0.2669796 0.2951325 0.2342028 0.2710067 0.2396355 0.01919153 0.8822931
#> T 0.2573061 0.1986690 0.2171616 0.1855351 0.1343162 0.00000000 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.04549560 0.6336369 0.5977326 0.2611996 0.1765427 0.2595302 0.2519166
#> C 0.08180179 0.1004065 0.1437593 0.2142393 0.2600232 0.2199221 0.2635643
#> G 0.83001388 0.1210687 0.1028952 0.4199551 0.1334694 0.3001258 0.2803949
#> T 0.04268873 0.1448879 0.1556128 0.1046061 0.4299647 0.2204219 0.2041242
#>
#> $GATA4_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.3183082 0.2278849 0.39496567 0 1 0 0.83576290 0.884937233
#> C 0.2064714 0.2980690 0.27755565 0 0 0 0.04412163 0.000000000
#> G 0.2460075 0.2651213 0.02920142 1 0 0 0.00000000 0.108987645
#> T 0.2292129 0.2089248 0.29827726 0 0 1 0.12011548 0.006075122
#> [,9] [,10]
#> A 0.17259854 0.3243164
#> C 0.24292136 0.2507306
#> G 0.49704851 0.3313329
#> T 0.08743158 0.0936201
#>
#> $GCR_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1162105 0.04825307 0.2147987 0.3321764 0.2447395 0.2756133 0.2228571
#> C 0.5554945 0.29277124 0.2547345 0.1893698 0.2676086 0.1941157 0.2755210
#> G 0.2204391 0.55467305 0.3641971 0.2005108 0.2503474 0.2123740 0.3133703
#> T 0.1078559 0.10430264 0.1662697 0.2779430 0.2373044 0.3178970 0.1882516
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.04866084 0.004164872 0.2133802 0.2213321 0.2401933 0.2465345 0.2246514
#> C 0.76416024 0.150233405 0.3537602 0.2445017 0.1886578 0.1988834 0.3153250
#> G 0.18717891 0.822727075 0.2060584 0.2500961 0.3309556 0.2041449 0.2640677
#> T 0.00000000 0.022874649 0.2268011 0.2840701 0.2401933 0.3504372 0.1959560
#> [,15]
#> A 0.2437819
#> C 0.3115030
#> G 0.2240190
#> T 0.2206961
#>
#> $GFI1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.28201626 0.1735132 0.4127284 0.1098668 0.42657050 0.0000000 0.82081931
#> C 0.08355236 0.5555748 0.2418464 0.3061619 0.01120376 0.0000000 0.01043608
#> G 0.47355220 0.1092941 0.0000000 0.4119957 0.05064896 0.8872468 0.02026542
#> T 0.16087918 0.1616178 0.3454252 0.1719756 0.51157678 0.1127532 0.14847919
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.00000000 0.04377120 0.16136600
#> C 0.00000000 0.05809681 0.07333023
#> G 0.03006747 0.00000000 0.24729850
#> T 0.96993253 0.89813199 0.51800527
#>
#> $GFI1B_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.28556147 0.20447201 0.36835944 0.1365020 0.45729540 0.015241138 0.88807150
#> C 0.07192759 0.46447073 0.23674217 0.2556285 0.00000000 0.083832397 0.00000000
#> G 0.42708472 0.09779708 0.05017103 0.4265645 0.04973766 0.899796288 0.05996099
#> T 0.21542621 0.23326018 0.34472737 0.1813050 0.49296694 0.001130178 0.05196751
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0 0.1131973 0.26785170
#> C 0 0.0000000 0.05526265
#> G 0 0.0000000 0.13519361
#> T 1 0.8868027 0.54169204
#>
#> $GRHL2_HUMAN.WTC11
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.65420859 0.945290114 0.06120048 0.1478280 0.1689523 0.00000000 0.05359659
#> C 0.02207426 0.000000000 0.93879952 0.7034162 0.0000000 0.00000000 0.01227986
#> G 0.26698643 0.001233216 0.00000000 0.0000000 0.6643018 0.96198308 0.00000000
#> T 0.05673071 0.053476670 0.00000000 0.1487558 0.1667460 0.03801692 0.93412355
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.10714878 0.25958250 0.1747609 0.4242776 0.1494696
#> C 0.19590945 0.24394164 0.1589516 0.1663450 0.4907895
#> G 0.05158066 0.09475013 0.3655908 0.2196346 0.1119032
#> T 0.64536111 0.40172573 0.3006966 0.1897428 0.2478377
#>
#> $HINFP_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2404619 0.2639395 0.2409303 0.2425829 0.2005563 0.2645195 0.09437613 0
#> C 0.2523640 0.2456614 0.2899893 0.2232618 0.2846022 0.3583735 0.18519756 1
#> G 0.2168627 0.2408247 0.2747322 0.2545657 0.2188873 0.1924529 0.53604921 0
#> T 0.2903114 0.2495744 0.1943482 0.2795895 0.2959542 0.1846541 0.18437710 0
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.0000000 0.1356277 0.5073300 0.17920744 0.0562457 0.2346589 0.2296470
#> C 0.1908985 0.1755196 0.1610278 0.60799978 0.4458164 0.2245912 0.2633932
#> G 0.8091015 0.4908298 0.1351190 0.15303729 0.3716520 0.2776220 0.2443716
#> T 0.0000000 0.1980229 0.1965233 0.05975549 0.1262858 0.2631279 0.2625882
#> [,16]
#> A 0.2808100
#> C 0.2236812
#> G 0.3358578
#> T 0.1596510
#>
#> $HLF_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2079314 0.26913826 0.000000000 0.02198594 0.57479247 0.02344312 0.43117105
#> C 0.2475699 0.21993550 0.021480248 0.01050417 0.01534573 0.50083696 0.04086069
#> G 0.2770963 0.44173452 0.002225651 0.12145289 0.38228599 0.04151323 0.50477845
#> T 0.2674024 0.06919172 0.976294102 0.84605701 0.02757581 0.43420669 0.02318981
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.02515454 0.857092528 0.979419492 0.0672806 0.2612491 0.2279130
#> C 0.38074901 0.113441743 0.002143976 0.4407977 0.2885589 0.2694354
#> G 0.01084411 0.005646982 0.018436533 0.2201386 0.2482250 0.2797256
#> T 0.58325234 0.023818746 0.000000000 0.2717831 0.2019671 0.2229260
#>
#> $HNF1A_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2539528 0.17245325 0.03944504 0.11915736 0.90380329 0.85747906 0.1882184
#> C 0.1501821 0.04525772 0.10503890 0.11731200 0.00000000 0.09217708 0.1471266
#> G 0.4042398 0.69074370 0.11688892 0.01557684 0.04972778 0.00483224 0.0000000
#> T 0.1916253 0.09154533 0.73862713 0.74795379 0.04646893 0.04551162 0.6646550
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1657881 0.6638717 0.0548282619 0.03528518 0.753839039 0.74671686 0.08934026
#> C 0.3329988 0.0000000 0.0001240417 0.04795515 0.008557364 0.11068184 0.69089623
#> G 0.3324749 0.1517852 0.0877998806 0.00000000 0.117684737 0.10666439 0.04326911
#> T 0.1687382 0.1843430 0.8572478158 0.91675967 0.119918860 0.03593691 0.17649440
#> [,15]
#> A 0.1871344
#> C 0.4070852
#> G 0.1512872
#> T 0.2544932
#>
#> $HNF1B_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2213302 0.12335784 0.001863901 0.1019156 0.71627547 0.69738125 0.16798628
#> C 0.2016721 0.05912254 0.180842455 0.1882825 0.09138799 0.17580868 0.18702114
#> G 0.4188218 0.76646492 0.170932590 0.1002948 0.16238900 0.09332696 0.07356758
#> T 0.1581760 0.05105470 0.646361053 0.6095071 0.02994754 0.03348311 0.57142500
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1602904 0.57274630 0.03036611 0.03449192 0.60939497 0.6481011585 0.05119645
#> C 0.3392653 0.07208675 0.09130570 0.16034570 0.09770207 0.1700396161 0.76162514
#> G 0.3397116 0.18524152 0.17402679 0.08875998 0.18794200 0.1817315907 0.05966963
#> T 0.1607327 0.16992544 0.70430139 0.71640240 0.10496095 0.0001276347 0.12750878
#> [,15]
#> A 0.1586951
#> C 0.4187591
#> G 0.2002183
#> T 0.2223276
#>
#> $HNF4A_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2682783 0.3313934 0.16828984 0.2067921 0.1803278 0.14600324 0.65556262
#> C 0.2509186 0.1335251 0.09256245 0.1568206 0.3151607 0.60365947 0.13897840
#> G 0.2905510 0.3709491 0.58866576 0.2747199 0.2249904 0.06478969 0.11463456
#> T 0.1902521 0.1641323 0.15048195 0.3616674 0.2795210 0.18554760 0.09082441
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.5470496 0.58005541 0.08020413 0.13632457 0.1236896 0.14763438 0.4717480
#> C 0.1117487 0.03289216 0.06216392 0.08320646 0.3747410 0.55758752 0.1583477
#> G 0.2146729 0.30274050 0.76385557 0.26797746 0.1636156 0.09896119 0.2074232
#> T 0.1265288 0.08431192 0.09377639 0.51249151 0.3379538 0.19581690 0.1624812
#>
#> $HNF4G_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2655483 0.3154968 0.1664589 0.2013854 0.1864216 0.14888136 0.64176685
#> C 0.2571055 0.1555191 0.0831385 0.1564200 0.3007267 0.58665506 0.14208246
#> G 0.2850209 0.3632133 0.6062714 0.2966351 0.2409427 0.08044477 0.11863585
#> T 0.1923252 0.1657708 0.1441312 0.3455595 0.2719090 0.18401882 0.09751483
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.5758900 0.60862945 0.10421809 0.10083261 0.1183589 0.12327939 0.4251934
#> C 0.1087829 0.04195987 0.06467817 0.06163021 0.3576841 0.57191346 0.1725657
#> G 0.2137039 0.26923993 0.73854454 0.34625157 0.1677898 0.09887793 0.2286443
#> T 0.1016233 0.08017075 0.09255920 0.49128560 0.3561672 0.20592923 0.1735966
#>
#> $HNF6_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2666985 0.2744157 0.2982062 0.878330581 0.009839483 0.018742725 0.280025402
#> C 0.2495041 0.2484387 0.1258570 0.004082602 0.012566304 0.693170453 0.004754407
#> G 0.2320015 0.2499556 0.2555781 0.085300761 0.000000000 0.005366864 0.696206762
#> T 0.2517960 0.2271900 0.3203587 0.032286056 0.977594214 0.282719958 0.019013429
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.982247294 0.035282819 0.3167505 0.2274132
#> C 0.000000000 0.088779619 0.2588049 0.2484543
#> G 0.007928645 0.006693002 0.1243793 0.2499806
#> T 0.009824062 0.869244561 0.3000653 0.2741520
#>
#> $HSF1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.09134761 0.28217124 0.05846080 0.4914243 0.4611399 0.2127979 0.2197989
#> C 0.37194888 0.36893660 0.14509425 0.1844242 0.1906384 0.3164761 0.2677447
#> G 0.19563126 0.30281188 0.75123229 0.1670537 0.1983840 0.2570100 0.2941124
#> T 0.34107225 0.04608028 0.04521267 0.1570978 0.1498377 0.2137160 0.2183440
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1263736 0.1431360 0.0000000 0.0000000 0.34883954 0.000000 0.5022443
#> C 0.1911370 0.1581106 0.9323323 0.2738700 0.38258541 0.137258 0.1638931
#> G 0.2018290 0.1726380 0.0676677 0.3495069 0.25798214 0.862742 0.1818428
#> T 0.4806604 0.5261154 0.0000000 0.3766231 0.01059292 0.000000 0.1520199
#> [,15]
#> A 0.4767505
#> C 0.1907613
#> G 0.1842137
#> T 0.1482745
#>
#> $HSF2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.33086271 0.06150018 0.6329425 0.5649539 0.1802285 0.2111202 0.07776031
#> C 0.26520372 0.09551220 0.1227985 0.1396242 0.3360697 0.2642800 0.12526602
#> G 0.33385375 0.78026785 0.1002848 0.1460012 0.2459882 0.3353869 0.10710099
#> T 0.07007982 0.06271976 0.1439741 0.1494207 0.2377137 0.1892129 0.68987268
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.07043108 0.0000000 0.00706096 0.45855228 0.02336088 0.5953479 0.5364519
#> C 0.06939242 0.9818912 0.33036345 0.21034909 0.09975567 0.1440840 0.1640912
#> G 0.09143182 0.0181088 0.20683000 0.28541769 0.75487943 0.1290684 0.1501336
#> T 0.76874467 0.0000000 0.45574559 0.04568094 0.12200402 0.1314998 0.1493233
#>
#> $HTF4_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2597673 0.30787797 0 0.84820596 0.00000000 0.04245434 0.05520532 0
#> C 0.2513328 0.26914453 1 0.04335723 0.33619188 0.61563635 0.04291984 0
#> G 0.2514921 0.36223478 0 0.04278231 0.61824115 0.34190931 0.03961865 1
#> T 0.2374079 0.06074271 0 0.06565449 0.04556697 0.00000000 0.86225619 0
#> [,9] [,10]
#> A 0.06466451 0.2416905
#> C 0.36054894 0.2499823
#> G 0.26393338 0.2468893
#> T 0.31085317 0.2614378
#>
#> $HXA10_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2202555 0.2620853 0.1057830 0.07629562 0.2325109 0.2422658 0.2529008
#> C 0.2724719 0.2071885 0.5862910 0.21530174 0.3185345 0.2126016 0.2307295
#> G 0.2788090 0.2840843 0.1683856 0.60553405 0.2139284 0.2641537 0.2437657
#> T 0.2284635 0.2466419 0.1395403 0.10286860 0.2350262 0.2809789 0.2726040
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.2211102 0.2907007 0.11334644 0.1450529 0.2377823
#> C 0.2488512 0.2335625 0.57631297 0.1993219 0.2585018
#> G 0.2256669 0.2584347 0.23996234 0.5353049 0.2118698
#> T 0.3043718 0.2173022 0.07037825 0.1203203 0.2918460
#>
#> $HXA9_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2442259 0.05656068 0.00000000 0.1911390 0.2158465 0.2293949 0.2035105
#> C 0.1849722 0.72949158 0.09398871 0.3900577 0.1977282 0.2255178 0.2226948
#> G 0.3582186 0.07549148 0.86264930 0.1901614 0.2417865 0.3581425 0.1991236
#> T 0.2125832 0.13845626 0.04336199 0.2286419 0.3446388 0.1869447 0.3746712
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.2346311 0.13818241 0.1187687 0.2114847
#> C 0.3324552 0.54170470 0.1851804 0.2746823
#> G 0.2353753 0.25872992 0.5589928 0.1680575
#> T 0.1975384 0.06138297 0.1370582 0.3457755
#>
#> $HXB7_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2990829 0.1787939 0.1730372 0.1881993 0.2622390 0.2361499 0.2290621
#> C 0.1746629 0.5339969 0.1357755 0.3489091 0.1684061 0.2637427 0.2471600
#> G 0.2869348 0.1056104 0.5901694 0.1626450 0.2936233 0.2428123 0.2432846
#> T 0.2393195 0.1815989 0.1010178 0.3002466 0.2757316 0.2572952 0.2804933
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.3271456 0.1624108 0.1869902
#> C 0.2316177 0.4779122 0.2300518
#> G 0.2427389 0.2017598 0.4279314
#> T 0.1984978 0.1579172 0.1550266
#>
#> $IKZF1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.08578571 0.08711718 0.000000000 0.0000000 0.122463 0.4798982 0.3382935
#> C 0.47414714 0.53730372 0.509218241 0.5435525 0.000000 0.2306222 0.2248889
#> G 0.28682999 0.15586560 0.485951345 0.4564475 0.877537 0.2894796 0.2706762
#> T 0.15323716 0.21971349 0.004830414 0.0000000 0.000000 0.0000000 0.1661413
#> [,8]
#> A 0.2153872
#> C 0.2653202
#> G 0.1764127
#> T 0.3428799
#>
#> $IRF9_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2206006 0.2155081 0.2531313 0.1279249 0.03580678 0.13658826 0.1456667
#> C 0.2612953 0.2452375 0.2435602 0.5357764 0.19131155 0.59028692 0.2054978
#> G 0.2604470 0.2607380 0.2554932 0.1734054 0.61707648 0.17962117 0.5021297
#> T 0.2576570 0.2785164 0.2478153 0.1628933 0.15580519 0.09350364 0.1467058
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.2596788 0.2489663 0.2640337 0.2230203 0.2409816
#> C 0.2458619 0.2530550 0.2324851 0.3033997 0.2318837
#> G 0.2434592 0.2330402 0.2828146 0.2370289 0.2822297
#> T 0.2510001 0.2649385 0.2206666 0.2365511 0.2449049
#>
#> $`ITF2_HUMAN.SK-N-SH`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.47911956 0.45142322 0.07908054 1 0.0000000 0.7528555 0 0.00000000
#> C 0.03852957 0.34345138 0.92091946 0 0.0000000 0.2471445 0 0.00000000
#> G 0.20297076 0.07980308 0.00000000 0 0.2626314 0.0000000 0 0.90855209
#> T 0.27938012 0.12532232 0.00000000 0 0.7373686 0.0000000 1 0.09144791
#> [,9] [,10]
#> A 0.13085140 0.28365384
#> C 0.07188256 0.20054615
#> G 0.32445347 0.04754251
#> T 0.47281257 0.46825750
#>
#> $JUNB_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2793077 0.4361813 0.11127969 0.04665792 0.96590222 0.1309306 0.0258056
#> C 0.1242293 0.1917039 0.05637695 0.08880060 0.00000000 0.3683989 0.0000000
#> G 0.2355755 0.1240542 0.00000000 0.56328540 0.00000000 0.3738674 0.0000000
#> T 0.3608875 0.2480605 0.83234335 0.30125608 0.03409778 0.1268031 0.9741944
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.29193866 0.86517484 0.2427323 0.3596982
#> C 0.59768663 0.00000000 0.1156421 0.2337642
#> G 0.05909957 0.06099179 0.1966774 0.1191713
#> T 0.05127515 0.07383338 0.4449482 0.2873664
#>
#> $JUND_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2196595 0.45837267 0.02819974 0.02921047 0.942426060 0.08721718 0.04478588
#> C 0.2123459 0.17539606 0.00000000 0.06578339 0.009728081 0.41475778 0.00000000
#> G 0.3349173 0.30271269 0.00000000 0.78865344 0.000000000 0.41830512 0.00000000
#> T 0.2330774 0.06351857 0.97180026 0.11635270 0.047845860 0.07971992 0.95521412
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.11923019 0.98247317 0.06015605 0.2330761
#> C 0.77940526 0.00000000 0.30237537 0.3365561
#> G 0.06904356 0.00000000 0.17904434 0.2107214
#> T 0.03232098 0.01752683 0.45842425 0.2196464
#>
#> $KAISO_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2126960 0.2909825 0.3165488 0.3449927 0.2458714 0.3244140 0.07244398
#> C 0.3102651 0.2440766 0.2475870 0.2053212 0.1413623 0.3522354 0.11285474
#> G 0.2560506 0.2442845 0.2637120 0.2102460 0.1720718 0.1382931 0.07915241
#> T 0.2209883 0.2206563 0.1721522 0.2394400 0.4406944 0.1850575 0.73554887
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.12467427 0.04400257 0.003276113 0 0.47376527 0.04550109 0.72597865
#> C 0.78002995 0.05050775 0.993917780 0 0.41043690 0.05720056 0.08208056
#> G 0.04407096 0.49564987 0.001237613 1 0.06047902 0.71598092 0.11717639
#> T 0.05122482 0.40983981 0.001568494 0 0.05531881 0.18131744 0.07476441
#> [,15]
#> A 0.2066170
#> C 0.1571067
#> G 0.3131576
#> T 0.3231187
#>
#> $KLF1_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]
#> A 0.3120441 0.1342096 0 0 0.02515095 0 0.0020831 0.29823590 0.1916928
#> C 0.1085174 0.0000000 0 0 0.65077126 0 0.0000000 0.01548265 0.1183337
#> G 0.2004156 0.8657904 1 1 0.00000000 1 0.2896559 0.54571586 0.4607592
#> T 0.3790229 0.0000000 0 0 0.32407779 0 0.7082610 0.14056560 0.2292143
#> [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1419983 0.1934820 0.2787122 0.2125965 0.2377619
#> C 0.4446058 0.3629918 0.2449595 0.2584669 0.2171482
#> G 0.1053671 0.1940990 0.2299914 0.2768269 0.2589077
#> T 0.3080288 0.2494272 0.2463370 0.2521097 0.2861822
#>
#> $KLF12_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1950808 0.1512634 0.1780343 0.0000000 0 0.00000000 0.0000000 0.2070474
#> C 0.3473141 0.2540365 0.2644759 0.7504031 0 0.91302313 0.1306531 0.2854372
#> G 0.2400794 0.3522843 0.3079775 0.2495969 1 0.08697687 0.8693469 0.2562904
#> T 0.2175257 0.2424158 0.2495122 0.0000000 0 0.00000000 0.0000000 0.2512250
#> [,9] [,10] [,11]
#> A 0.2119528 0.2097274 0.1713540
#> C 0.3456376 0.2566694 0.3260635
#> G 0.2596636 0.3682032 0.2497014
#> T 0.1827460 0.1654000 0.2528812
#>
#> $KLF14_1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2599828 0.2359092 0.1648376 0.1687463 0.4587318 0 0 0.01071182
#> C 0.2002675 0.1597725 0.3235433 0.3867577 0.2886054 1 0 0.89254193
#> G 0.3488303 0.4304404 0.1857865 0.1334286 0.1428019 0 1 0.08537733
#> T 0.1909194 0.1738779 0.3258326 0.3110673 0.1098610 0 0 0.01136891
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.03050911 0.05466484 0.4052431 0.1828112 0.2436744 0.2567702
#> C 0.63748589 0.54469980 0.2724522 0.3465664 0.2388951 0.2349836
#> G 0.26378996 0.17841029 0.1287059 0.1456247 0.1849342 0.2108841
#> T 0.06821504 0.22222506 0.1935987 0.3249977 0.3324963 0.2973621
#>
#> $KLF5_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2396347 0.05823580 0.0000000 0.00000000 0.40944060 0.2272489 0.0000000
#> C 0.1840113 0.53114837 0.1689516 0.04967916 0.09218497 0.4804854 0.5306230
#> G 0.2744953 0.05708347 0.8310484 0.95032084 0.27099424 0.1431113 0.2319552
#> T 0.3018587 0.35353236 0.0000000 0.00000000 0.22738019 0.1491544 0.2374218
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2298402 0.28281673 0.50253865 0.00000000 0.01270647 0.6387984 0.21530383
#> C 0.1864519 0.09552969 0.14443682 0.96243526 0.74790171 0.0481000 0.24223609
#> G 0.5837079 0.24210206 0.07151797 0.03756474 0.14385500 0.2342143 0.07405078
#> T 0.0000000 0.37955152 0.28150656 0.00000000 0.09553682 0.0788873 0.46840930
#>
#> $Klf7_primary
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2422838 0.2116585 0.2236120 0.2557358 0.2119738 0.2829597 0.3755212 0
#> C 0.2610178 0.2591959 0.2269827 0.1822818 0.3227513 0.2635153 0.2876570 1
#> G 0.2814676 0.3124987 0.3114818 0.3304989 0.1793016 0.1715399 0.1908091 0
#> T 0.2152308 0.2166469 0.2379236 0.2314835 0.2859733 0.2819851 0.1460127 0
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15] [,16]
#> A 0 0.08175610 0.06925072 0.1282084 0.2790098 0.2952837 0.2294098 0.2265371
#> C 0 0.71067155 0.52699668 0.4407476 0.2080947 0.1826486 0.2841768 0.2508273
#> G 1 0.15142213 0.31300429 0.2415689 0.2083129 0.2209561 0.2251810 0.2615539
#> T 0 0.05615022 0.09074831 0.1894750 0.3045825 0.3011115 0.2612324 0.2610817
#>
#> $KLF8_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.3456060 0.2841201 0.28091687 0.07285509 0 0 0 0.11594787
#> C 0.2047032 0.1132907 0.08224785 0.10854021 0 1 0 0.03940247
#> G 0.1860517 0.2445933 0.55473275 0.81860470 1 0 1 0.34389841
#> T 0.2636391 0.3579959 0.08210252 0.00000000 0 0 0 0.50075126
#> [,9]
#> A 0.40985479
#> C 0.04372995
#> G 0.32983358
#> T 0.21658169
#>
#> $KLF9_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2499095 0.2909773 0.3214272 0.2741187 0.2030963 0.1863243 0.08606779
#> C 0.2919524 0.2368843 0.2361736 0.2203618 0.2205824 0.3079243 0.40014285
#> G 0.2150581 0.2138994 0.2379193 0.3179128 0.2892039 0.3505978 0.42452398
#> T 0.2430801 0.2582391 0.2044799 0.1876067 0.2871174 0.1551536 0.08926538
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.1731592 0 0 0.1885330 0.2746715 0.2559635 0.2272099 0.2071463
#> C 0.1779107 1 0 0.2172297 0.2063522 0.2295783 0.4148556 0.3158729
#> G 0.4928236 0 1 0.1865510 0.3252924 0.3301712 0.1639763 0.2775203
#> T 0.1561065 0 0 0.4076863 0.1936839 0.1842870 0.1939582 0.1994606
#>
#> $LEF1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2852327 0.2550506 0.2236511 0.1831010 0.1145575 0.1748553 0.15664459 1
#> C 0.2501885 0.2219490 0.2491224 0.2848395 0.4154115 0.1740972 0.02076468 0
#> G 0.2260959 0.2740145 0.2496526 0.2570475 0.2427544 0.0000000 0.01815246 0
#> T 0.2384830 0.2489859 0.2775738 0.2750121 0.2272766 0.6510475 0.80443827 0
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0 0.0000000 0.3201230 0.1955874 0.2336875 0.2434400
#> C 0 0.8640386 0.0000000 0.2987078 0.2381581 0.2602304
#> G 0 0.1359614 0.2785516 0.2615621 0.2392099 0.2764706
#> T 1 0.0000000 0.4013254 0.2441426 0.2889445 0.2198590
#>
#> $M00041
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.007161685 0.04038943 0.952710517 0.0000000 0.1064837 0.043604882 0.15948213
#> C 0.031083536 0.02319859 0.000000000 0.8779118 0.0000000 0.004278065 0.77693765
#> G 0.009225276 0.76430716 0.009293631 0.0000000 0.8935163 0.000000000 0.01906598
#> T 0.952529503 0.17210482 0.037995851 0.1220882 0.0000000 0.952117052 0.04451423
#> [,8]
#> A 0.967957115
#> C 0.003314715
#> G 0.020995182
#> T 0.007732988
#>
#> $M00065
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2268579 0.2360670 0.2336583 0.2240441 0.2725639 0.2293063 0.3674536 0
#> C 0.2551647 0.2491766 0.2628935 0.2764803 0.2375914 0.2693023 0.2845679 0
#> G 0.2689649 0.2843258 0.2747759 0.2721431 0.2641103 0.2641602 0.0450210 1
#> T 0.2490125 0.2304306 0.2286724 0.2273325 0.2257344 0.2372312 0.3029575 0
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15] [,16]
#> A 0.98292981 0 0.8262301 0.60857962 0.2019569 0.2626940 0.2722410 0.2424003
#> C 0.00000000 0 0.0000000 0.06537229 0.2611777 0.2765171 0.2621862 0.2495144
#> G 0.00000000 0 0.0000000 0.19084338 0.3842722 0.3048223 0.2598929 0.2551152
#> T 0.01707019 1 0.1737699 0.13520471 0.1525932 0.1559666 0.2056799 0.2529701
#>
#> $M00070
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2263559 0.2356963 0.2345965 0.2238962 0.2721422 0.2291480 0.36612386
#> C 0.2558650 0.2487310 0.2629082 0.2751753 0.2385849 0.2694011 0.28259442
#> G 0.2696430 0.2845449 0.2741542 0.2725658 0.2631820 0.2647171 0.04924944
#> T 0.2481361 0.2310278 0.2283412 0.2283627 0.2260909 0.2367337 0.30203228
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.00000000 0.964673681 0 0.8194279 0.59507838 0.2014686 0.2623608
#> C 0.01279073 0.006269509 0 0.0000000 0.07181928 0.2626199 0.2765598
#> G 0.98720927 0.000000000 0 0.0000000 0.19367614 0.3812003 0.3038058
#> T 0.00000000 0.029056811 1 0.1805721 0.13942619 0.1547112 0.1572736
#> [,15] [,16]
#> A 0.2709793 0.2433981
#> C 0.2626330 0.2486565
#> G 0.2592570 0.2542906
#> T 0.2071308 0.2536548
#>
#> $M00347
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2565779 0.2320509 0.3618983 0.00000000 0.94694459 0.006861338 0.81175619
#> C 0.2527262 0.2898193 0.3069233 0.01472339 0.01892631 0.003198587 0.00000000
#> G 0.2628334 0.2727970 0.0506092 0.98527661 0.00000000 0.000000000 0.01026031
#> T 0.2278625 0.2053329 0.2805691 0.00000000 0.03412910 0.989940076 0.17798350
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.61595366 0.1899984 0.2697493
#> C 0.06242982 0.2584173 0.2775643
#> G 0.18509511 0.4055741 0.3014663
#> T 0.13652141 0.1460102 0.1512202
#>
#> $M00348
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2522241 0.2228121 0.35140032 0 0.991379726 0 0.817047390 0.57139404
#> C 0.2598084 0.2944922 0.31153525 0 0.000000000 0 0.000000000 0.08029798
#> G 0.2767730 0.2894665 0.05110885 1 0.000000000 0 0.004456672 0.21197758
#> T 0.2111945 0.1932291 0.28595558 0 0.008620274 1 0.178495938 0.13633040
#> [,9] [,10]
#> A 0.1802149 0.2577616
#> C 0.2888979 0.2920884
#> G 0.3963014 0.3075357
#> T 0.1345858 0.1426144
#>
#> $M00415
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2252282 0.1709648 0.1972677 0.1888142 0.3627233 0.3618391 0.2367831
#> C 0.2806997 0.5149439 0.1622689 0.3117384 0.1461763 0.1360209 0.2552686
#> G 0.2930752 0.1651328 0.4776973 0.2543628 0.1261086 0.1472310 0.3126560
#> T 0.2009968 0.1489585 0.1627661 0.2450846 0.3649918 0.3549090 0.1952923
#> [,8] [,9]
#> A 0.1634973 0.1575909
#> C 0.4726483 0.1595276
#> G 0.1624652 0.5000736
#> T 0.2013892 0.1828079
#>
#> $M00418
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3521504 0.2731400 0.2167516 0.03864097 0.009601422 0.26790732 0.1076287
#> C 0.2039507 0.2256759 0.4037629 0.33952229 0.000000000 0.12924699 0.6821363
#> G 0.2258221 0.2980495 0.1610413 0.20190775 0.868781140 0.03445923 0.0000000
#> T 0.2180768 0.2031346 0.2184442 0.41992900 0.121617438 0.56838645 0.2102351
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.55355173 0.3778701 0.2763623 0.3024886
#> C 0.02487791 0.2178974 0.2508387 0.2167273
#> G 0.42157036 0.2031707 0.1860941 0.2242214
#> T 0.00000000 0.2010618 0.2867049 0.2565626
#>
#> $M00491
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2912937 0.2528538 0.1069913 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#> C 0.2278489 0.2840745 0.3978694 0.3699116 0.3252662 0.3389156 0.3835967
#> G 0.2358642 0.2944837 0.4951393 0.6300884 0.6747338 0.6610844 0.6164033
#> T 0.2449932 0.1685880 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.0000000 0.0000000 0.2496421 0.3120101 0.3187481 0.3017824
#> C 0.4118457 0.3692631 0.2316535 0.2063092 0.2121465 0.2527125
#> G 0.5881543 0.6307369 0.3657151 0.2630124 0.2016317 0.1937493
#> T 0.0000000 0.0000000 0.1529892 0.2186684 0.2674738 0.2517559
#>
#> $M00499
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1445639 0.15070059 0.18777771 0.980505505 0.0532067 0.06572449 0.29566776
#> C 0.3877358 0.20264184 0.01959914 0.000000000 0.0000000 0.90753273 0.04712778
#> G 0.2701501 0.06487747 0.00000000 0.003996031 0.0000000 0.02674277 0.29885105
#> T 0.1975502 0.58178011 0.79262315 0.015498464 0.9467933 0.00000000 0.35835340
#> [,8]
#> A 0.2235196
#> C 0.2732111
#> G 0.2818853
#> T 0.2213840
#>
#> $M00727
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2172774 0.43547648 0.6842188 0 0.2073459 0.1063327 0 0.23305388
#> C 0.0000000 0.04051814 0.2079985 1 0.0000000 0.0000000 0 0.00000000
#> G 0.5718297 0.29810454 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 0 0.67825760
#> T 0.2108929 0.22590083 0.1077827 0 0.7926541 0.8936673 1 0.08868852
#>
#> $M00736
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2322752 0.2495308 0.1777925 0.1388449 0.00000000 0.09290236 0.1444427
#> C 0.2120981 0.3170020 0.2037931 0.5434333 0.15801762 0.73876524 0.1629896
#> G 0.2971512 0.2153210 0.4352136 0.1616363 0.77577815 0.16833240 0.5202767
#> T 0.2584755 0.2181462 0.1832008 0.1560855 0.06620423 0.00000000 0.1722911
#> [,8]
#> A 0.1899721
#> C 0.4243305
#> G 0.2019117
#> T 0.1837857
#>
#> $M00737
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2305659 0.2494821 0.1678754 0.1174250 0.00000000 0.04548441 0.1251268
#> C 0.2084431 0.3239538 0.1974470 0.5999788 0.12134712 0.81872477 0.1470676
#> G 0.3016982 0.2117229 0.4606511 0.1446083 0.86832362 0.13579082 0.5697344
#> T 0.2592928 0.2148412 0.1740266 0.1379879 0.01032926 0.00000000 0.1580712
#> [,8]
#> A 0.1816562
#> C 0.4484811
#> G 0.1952499
#> T 0.1746128
#>
#> $M00738
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2329404 0.2495496 0.1814616 0.1462744 0.01119302 0.10766438 0.1512167
#> C 0.2135205 0.3143215 0.2061410 0.5238205 0.16859611 0.70074940 0.1685734
#> G 0.2953817 0.2167083 0.4258023 0.1675424 0.73593422 0.17693052 0.5029320
#> T 0.2581574 0.2194205 0.1865951 0.1623626 0.08427664 0.01465569 0.1772779
#> [,8]
#> A 0.1930444
#> C 0.4154081
#> G 0.2043729
#> T 0.1871746
#>
#> $M00739
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2316653 0.2495135 0.1743367 0.1316103 0.00000000 0.07692694 0.1378833
#> C 0.2107939 0.3194719 0.2015817 0.5625316 0.14574431 0.76570413 0.1575828
#> G 0.2987737 0.2140426 0.4440776 0.1558851 0.80675235 0.15736893 0.5370717
#> T 0.2587671 0.2169720 0.1800039 0.1499730 0.04750334 0.00000000 0.1674622
#> [,8]
#> A 0.1870763
#> C 0.4327403
#> G 0.1995919
#> T 0.1805915
#>
#> $M00740
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2292903 0.2500424 0.1589083 0.08841689 0.00000000 0.00000000 0.1017595
#> C 0.2050591 0.3312927 0.1892403 0.67174638 0.06210762 0.91100703 0.1238829
#> G 0.3107642 0.2065849 0.4869913 0.12778886 0.93789238 0.08899297 0.6382963
#> T 0.2548864 0.2120799 0.1648601 0.11204787 0.00000000 0.00000000 0.1360613
#> [,8]
#> A 0.1683523
#> C 0.4833061
#> G 0.1864843
#> T 0.1618574
#>
#> $M00778
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2430510 0.2013944 0.1724417 0.3044037 0.1184800 0.17353792 0.2931016
#> C 0.2509778 0.1730481 0.3786256 0.0865157 0.7152064 0.06460559 0.2588376
#> G 0.3007671 0.2261694 0.1851767 0.3911116 0.0308687 0.62421188 0.1195440
#> T 0.2052042 0.3993881 0.2637560 0.2179690 0.1354449 0.13764461 0.3285167
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.2650219 0.4166549 0.2255205 0.2375181
#> C 0.2114503 0.2015376 0.3048010 0.2498261
#> G 0.3166237 0.1872724 0.2129693 0.2594842
#> T 0.2069041 0.1945351 0.2567091 0.2531716
#>
#> $M00792
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.3597629 0.1952795 0.2968657 0.30123908 0.2032936 0.2320174 0 0.00000000
#> C 0.3104887 0.1648264 0.2533847 0.32112730 0.2378330 0.1440637 1 0.07373647
#> G 0.1239131 0.3676595 0.2793843 0.36038195 0.3384943 0.4544345 0 0.92626353
#> T 0.2058354 0.2722346 0.1703653 0.01725167 0.2203791 0.1694844 0 0.00000000
#> [,9]
#> A 0.17112911
#> C 0.53454944
#> G 0.08646811
#> T 0.20785333
#>
#> $M00915
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3564917 0.2345212 0.2374192 0.008374748 0 0.00000000 0.03902687
#> C 0.1833161 0.1818813 0.2299370 0.503247828 1 0.74868367 0.32992160
#> G 0.1959813 0.1703435 0.3033479 0.467842653 0 0.01809607 0.14974388
#> T 0.2642109 0.4132539 0.2292959 0.020534771 0 0.23322025 0.48130766
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.1922496 0.49784763 0.17930130 0.00000000 0.02644468 0.2646289
#> C 0.3203680 0.12404252 0.01106406 0.02148825 0.49483864 0.2846128
#> G 0.3285652 0.35390243 0.80963464 0.97851175 0.45034500 0.2237335
#> T 0.1588171 0.02420743 0.00000000 0.00000000 0.02837168 0.2270248
#>
#> $M00967
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.63383979 0.5200244 0.65111818 0.00000000 0.09960618 0.1466951 0.15434454
#> C 0.11173206 0.1009382 0.00000000 0.00000000 0.00000000 0.4310533 0.68401657
#> G 0.08685535 0.2117655 0.26639535 0.92912721 0.15336927 0.1169543 0.01216073
#> T 0.16757280 0.1672718 0.08248647 0.07087279 0.74702455 0.3052973 0.14947816
#> [,8] [,9]
#> A 7.102764e-01 0.3218152
#> C 4.790135e-06 0.2432218
#> G 1.913631e-01 0.2100358
#> T 9.835571e-02 0.2249272
#>
#> $M00976
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1503255 0.31892380 0.12119862 0.16124303 0.2850772 0.2742335 0.4290007
#> C 0.4374713 0.04274182 0.79048115 0.09482512 0.2175883 0.1618450 0.1921286
#> G 0.1834902 0.47750078 0.02714106 0.56661929 0.1244436 0.3122084 0.1949138
#> T 0.2287131 0.16083360 0.06117917 0.17731256 0.3728909 0.2517131 0.1839569
#> [,8] [,9]
#> A 0.1897400 0.1998864
#> C 0.3268347 0.2547555
#> G 0.2246346 0.2811140
#> T 0.2587908 0.2642441
#>
#> $M00981
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3513769 0.07135861 0.1066044 0.63967001 0.000000000 0.002827112 0.12299857
#> C 0.1515746 0.27156681 0.1000647 0.08164146 0.997258702 0.000000000 0.20088900
#> G 0.3524387 0.06558636 0.5459399 0.15777070 0.000000000 0.997172888 0.08172503
#> T 0.1446098 0.59148821 0.2473911 0.12091782 0.002741298 0.000000000 0.59438740
#> [,8] [,9]
#> A 0.3142174 0.5405907
#> C 0.4592255 0.1226087
#> G 0.1072092 0.2294212
#> T 0.1193479 0.1073794
#>
#> $M00993
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]
#> A 0.1394813 0.13589343 0.1597804 1 0 0 0.31339831 0.2286848 0.2232948
#> C 0.3979587 0.18449627 0.0000000 0 0 1 0.03086625 0.2768237 0.2656149
#> G 0.2604085 0.03827678 0.0000000 0 0 0 0.28806961 0.2697632 0.2423624
#> T 0.2021515 0.64133352 0.8402196 0 1 0 0.36766583 0.2247282 0.2687280
#> [,10]
#> A 0.2244836
#> C 0.2751831
#> G 0.2754290
#> T 0.2249043
#>
#> $M01154
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2633840 0.3154728 0.2343940 0.13099361 0.69146077 0.0000000 0.2535223
#> C 0.2427216 0.2121004 0.3279918 0.75183882 0.00000000 0.7468378 0.0000000
#> G 0.2636711 0.2745560 0.2971899 0.04116547 0.21639381 0.0000000 0.7464777
#> T 0.2302233 0.1978708 0.1404243 0.07600211 0.09214542 0.2531622 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.09120661 0.07888481 0.1395593 0.1989450 0.2296796
#> C 0.21793024 0.03562267 0.2976903 0.2751760 0.2635889
#> G 0.00000000 0.75706988 0.3246230 0.2115803 0.2450327
#> T 0.69086316 0.12842264 0.2381274 0.3142987 0.2616988
#>
#> $M01177
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2874023 0.07725674 0.07778486 0.1430653 0.2091850 0.3917450 0.00000000
#> C 0.2542969 0.59960340 0.19368254 0.2314913 0.3086401 0.1911686 0.85691973
#> G 0.2807201 0.25573387 0.65413487 0.2192037 0.2489908 0.2665515 0.12315931
#> T 0.1775807 0.06740598 0.07439773 0.4062397 0.2331841 0.1505350 0.01992096
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.04672789 0.1604025 0.2551266 0.3602895 0.1706048
#> C 0.20196891 0.2921258 0.2458412 0.2344977 0.3274557
#> G 0.71119534 0.1915284 0.3386270 0.2343495 0.2649218
#> T 0.04010786 0.3559433 0.1604053 0.1708633 0.2370177
#>
#> $M01204
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2308623 0.1695039 0.2383815 0.2793404 0.13387466 0.1096890 0.74466055
#> C 0.2800433 0.3513518 0.1765832 0.3107125 0.42290733 0.2480101 0.00000000
#> G 0.2523712 0.1280609 0.2720004 0.1701486 0.08912617 0.3956029 0.09312562
#> T 0.2367232 0.3510834 0.3130349 0.2397985 0.35409185 0.2466979 0.16221383
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1465154 0.1218847 0.19467072 0.26923294 0.1937083 0.1016606 0.2915029
#> C 0.0000000 0.0000000 0.01620481 0.07603336 0.3503514 0.3581127 0.2054373
#> G 0.0000000 0.0000000 0.65623285 0.56179386 0.1064687 0.1652682 0.3265563
#> T 0.8534846 0.8781153 0.13289162 0.09293983 0.3494716 0.3749585 0.1765035
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.3344065 0.2290464 0.2447596
#> C 0.1786369 0.2815247 0.2383401
#> G 0.2747666 0.2086683 0.2999141
#> T 0.2121900 0.2807606 0.2169863
#>
#> $M01212
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3493456 0.1765505 0.02784984 0.02575454 0.21424545 0.007948227 0.1649659
#> C 0.1898431 0.2459188 0.02234963 0.10389105 0.60825282 0.626538089 0.3381833
#> G 0.3062414 0.1794988 0.02241991 0.09129452 0.05277181 0.138195534 0.3371190
#> T 0.1545699 0.3980318 0.92738062 0.77905989 0.12472992 0.227318150 0.1597318
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.22818090 0.12176928 0.76808958 0.931201456 0.4002410 0.1593553
#> C 0.13568269 0.05376017 0.09478550 0.009609776 0.1793983 0.2991748
#> G 0.62305223 0.61230154 0.10917387 0.024842952 0.2425080 0.1909401
#> T 0.01308418 0.21216901 0.02795106 0.034345816 0.1778527 0.3505297
#>
#> $M01306
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.8535065 0.0875137 0 0.23714214 1 0.3190466 0.5993898 0.41108400
#> C 0.0000000 0.3568101 0 0.52343439 0 0.0000000 0.0000000 0.13826458
#> G 0.0000000 0.3635947 0 0.17073626 0 0.0000000 0.0000000 0.02302851
#> T 0.1464935 0.1920815 1 0.06868721 0 0.6809534 0.4006102 0.42762291
#>
#> $MA0025.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.023751269 0.05025226 0.68452028 0.04864891 0.36689925 0.05480289 0.76987586
#> C 0.005633953 0.00175219 0.00000000 0.51929278 0.05923474 0.26504554 0.15539945
#> G 0.000000000 0.19292708 0.25100214 0.05681361 0.52539485 0.00000000 0.00000000
#> T 0.970614778 0.75506847 0.06447758 0.37524471 0.04847116 0.68015157 0.07472469
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.96562582 0.07004829 0.2756797 0.2339577
#> C 0.00000000 0.39221274 0.2735360 0.2477179
#> G 0.01334778 0.18184636 0.2250688 0.2713246
#> T 0.02102639 0.35589261 0.2257155 0.2469998
#>
#> $MA0037.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
#> A 0.37379858 0.16019696 0.72833534 0.00000000 0.5596446 0.57404548
#> C 0.33981585 0.08578594 0.05369369 0.10792533 0.1158798 0.07719118
#> G 0.03840803 0.75401710 0.11222175 0.05951481 0.1353698 0.18447836
#> T 0.24797754 0.00000000 0.10574923 0.83255985 0.1891058 0.16428498
#>
#> $MA0059.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2590803 0.3154841 0.2376781 0.12921586 0.69049531 0.0000000 0.2527918
#> C 0.2439174 0.2146116 0.3238261 0.75988466 0.00000000 0.7465122 0.0000000
#> G 0.2655807 0.2739766 0.3016288 0.03653572 0.21718742 0.0000000 0.7472082
#> T 0.2314215 0.1959277 0.1368670 0.07436377 0.09231727 0.2534878 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.09335802 0.07604749 0.1401843 0.1962129
#> C 0.21762515 0.04012873 0.2967872 0.2772625
#> G 0.00000000 0.75483723 0.3254775 0.2115407
#> T 0.68901683 0.12898655 0.2375510 0.3149840
#>
#> $MA0061.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1463285 0.1346518264 0.36232826 0.47986266 0.4496783 0.34254321 0.17569179
#> C 0.0529593 0.0005082501 0.01512709 0.09692871 0.1230961 0.09826806 0.24444182
#> G 0.5813663 0.7401270852 0.48580808 0.27067068 0.1009067 0.12178494 0.09707784
#> T 0.2193458 0.1247128383 0.13673657 0.15253796 0.3263189 0.43740378 0.48278855
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.12969284 0.108198307 0.20119698
#> C 0.46025510 0.697725906 0.59630512
#> G 0.01798304 0.006173087 0.06705416
#> T 0.39206902 0.187902701 0.13544374
#>
#> $MA0076.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3532250 0.1517563 0.01911951 0.00000000 0.08691510 0.72178114 0.63971145
#> C 0.1695750 0.5042132 0.94871001 0.07851361 0.08229850 0.05432353 0.10299245
#> G 0.2719213 0.2289492 0.03217047 0.92148639 0.75298665 0.06073779 0.05748941
#> T 0.2052787 0.1150812 0.00000000 0.00000000 0.07779975 0.16315753 0.19980669
#> [,8] [,9]
#> A 0.33314701 0.1410252
#> C 0.15981288 0.2650993
#> G 0.41916816 0.1180285
#> T 0.08787194 0.4758470
#>
#> $MA0079.2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3110415 0.2146759 0.1852350 0.3694951 0.3716033 0.09858987 0.18176043
#> C 0.1946773 0.2748691 0.3353547 0.1438055 0.1049976 0.54795080 0.62159927
#> G 0.2769194 0.1785867 0.2032336 0.3767803 0.3407397 0.08365841 0.03152925
#> T 0.2173617 0.3318682 0.2761768 0.1099191 0.1826594 0.26980092 0.16511105
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.83463014 0.8620632 0.15587922
#> C 0.00000000 0.0000000 0.06709008
#> G 0.01513988 0.0000000 0.00000000
#> T 0.15022998 0.1379368 0.77703070
#>
#> $MA0099.1_GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2905820 0.00000000 0.00000000 0.60608995 0.737702158 0.00000000 0.2619705
#> C 0.1667464 0.91238312 0.82812747 0.07236881 0.004770581 0.07325607 0.3300989
#> G 0.3010020 0.03047710 0.15501242 0.20459159 0.043772839 0.00000000 0.2408057
#> T 0.2416696 0.05713978 0.01686011 0.11694965 0.213754423 0.92674393 0.1671249
#> [,8]
#> A 0.39062316
#> C 0.13539939
#> G 0.44865223
#> T 0.02532522
#>
#> $MA0099.2_HeLa
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0 0.10733802 0.98059453 0.1785122 0.05365445 0.2455605 1
#> C 0 0.08459069 0.00000000 0.3136177 0.00000000 0.5809476 0
#> G 0 0.56368717 0.00000000 0.3113809 0.00000000 0.0530550 0
#> T 1 0.24438412 0.01940547 0.1964891 0.94634555 0.1204369 0
#>
#> $MA0105.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1855181 0.13584385 0.28638714 0.43257689 0.4617203 0.3852369 0.2505464
#> C 0.1280314 0.04558313 0.01248866 0.06743826 0.1119326 0.1144169 0.1750951
#> G 0.4321867 0.64880477 0.57428221 0.36311212 0.1758276 0.1143319 0.1119770
#> T 0.2542638 0.16976825 0.12684200 0.13687273 0.2505195 0.3860142 0.4623815
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.13764997 0.12676306 0.17125257 0.2560301
#> C 0.36288849 0.57443454 0.64747163 0.4310697
#> G 0.06671279 0.01205567 0.04576024 0.1273655
#> T 0.43274875 0.28674673 0.13551557 0.1855347
#>
#> $MA0108.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1798805 0.1057628 0.48905755 0.15181004 0.71326417 0.26890732 0.66138898
#> C 0.3725034 0.2208832 0.15527920 0.07943479 0.03845003 0.03901731 0.09674511
#> G 0.2413368 0.1691451 0.08302018 0.04987691 0.02413370 0.07388605 0.13782998
#> T 0.2062793 0.5042089 0.27264308 0.71887826 0.22415209 0.61818932 0.10403593
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.3009590 0.3549025 0.1922246 0.1437163 0.1375159 0.1300217 0.1391656
#> C 0.1127907 0.2197399 0.3375369 0.3565027 0.3381927 0.3907571 0.3207992
#> G 0.2476480 0.3243767 0.3442783 0.3443229 0.3916489 0.3136755 0.3897910
#> T 0.3386023 0.1009809 0.1259602 0.1554581 0.1326425 0.1655457 0.1502443
#> [,15]
#> A 0.1506657
#> C 0.3137280
#> G 0.3555475
#> T 0.1800587
#>
#> $MA0109.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2030941 0.1841607 0.1184052 0.08885838 0.08971237 0.189222624 0.75438518
#> C 0.2603236 0.2887171 0.3385984 0.44947547 0.20679818 0.007718753 0.10747422
#> G 0.2798651 0.2733920 0.2755670 0.29532016 0.10815785 0.027658379 0.01479121
#> T 0.2567172 0.2537302 0.2674294 0.16634599 0.59533161 0.775400244 0.12334938
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.06401977 0 0.24513892
#> C 0.05945699 1 0.05089569
#> G 0.06510513 0 0.35100289
#> T 0.81141811 0 0.35296250
#>
#> $MA0137.2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1604362 0.3437976 0.1744191 0.032727858 0.01923739 0.21821956 0.0131727
#> C 0.3414667 0.1820252 0.2418600 0.026649347 0.09636840 0.59197236 0.6217370
#> G 0.3027185 0.3085024 0.1909351 0.005663026 0.09064250 0.06010592 0.1365381
#> T 0.1953787 0.1656749 0.3927858 0.934959769 0.79375171 0.12970215 0.2285522
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1757125 0.23619011 0.11763999 0.76704447 0.936680495 0.4044548 0.1704183
#> C 0.3131140 0.14816267 0.05908777 0.09492241 0.005202666 0.1798223 0.3083889
#> G 0.3363766 0.59585036 0.61399308 0.10207207 0.031135781 0.2276844 0.1872159
#> T 0.1747970 0.01979687 0.20927916 0.03596105 0.026981058 0.1880385 0.3339769
#> [,15]
#> A 0.1804649
#> C 0.3109920
#> G 0.3498076
#> T 0.1587355
#>
#> $MA0144.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.00601549 0.06204517 0.44712085 0.02435636 0.2117333 0.25370453 0.03675382
#> C 0.00000000 0.00000000 0.51314247 0.72337508 0.2693349 0.00000000 0.00000000
#> G 0.00000000 0.04173288 0.00000000 0.00000000 0.2893618 0.70919300 0.54282448
#> T 0.99398451 0.89622195 0.03973667 0.25226856 0.2295700 0.03710247 0.42042170
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.86150373 0.96380016 0.3496398
#> C 0.03996157 0.00000000 0.1403391
#> G 0.00000000 0.00000000 0.2028364
#> T 0.09853469 0.03619984 0.3071846
#>
#> $MA0148.1_T47D
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.09760556 0.4190745 0.01922186 0.1177670 0.070295633 0.7037325 0.12785024
#> C 0.03836871 0.0000000 0.01374464 0.0000000 0.003839428 0.0000000 0.61482459
#> G 0.00000000 0.5809255 0.00000000 0.1983432 0.304121491 0.2962675 0.03961209
#> T 0.86402573 0.0000000 0.96703350 0.6838897 0.621743448 0.0000000 0.21771308
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.33146830 0.1515500 0.3968537 0.2539646
#> C 0.24704760 0.3240537 0.1026377 0.2242775
#> G 0.09114286 0.1951235 0.1574215 0.3285687
#> T 0.33034125 0.3292728 0.3430871 0.1931892
#>
#> $MA0151.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
#> A 1 0.2026409 0.1703281530 0.74154646 0.616182 0.3321269
#> C 0 0.0000000 0.5128717553 0.00000000 0.000000 0.1925363
#> G 0 0.0000000 0.0003345857 0.05026894 0.000000 0.0000000
#> T 0 0.7973591 0.3164655061 0.20818460 0.383818 0.4753368
#>
#> $MA0162.1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1742970 0.1925704 0.09577759 0 0.06363848 0.2729382 0.07220277
#> C 0.2479757 0.1135857 0.73739811 0 0.19696437 0.1850691 0.24151161
#> G 0.1878951 0.5981655 0.06266380 1 0.26671224 0.5419927 0.60426886
#> T 0.3898322 0.0956784 0.10416051 0 0.47268491 0.0000000 0.08201675
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.03650250 0.07360501 0.00000000 0.1145166
#> C 0.06407969 0.64634056 0.02885406 0.1727926
#> G 0.89941780 0.14821319 0.97114594 0.3783841
#> T 0.00000000 0.13184123 0.00000000 0.3343067
#>
#> $MAX_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2168430 0.2628691 0.2010126 0.09555727 0.4898572 0 0 0.1355491
#> C 0.2743351 0.2422112 0.3337510 0.65902213 0.1016348 1 0 0.2752829
#> G 0.2899022 0.2893693 0.3027147 0.16462044 0.2718326 0 1 0.0994393
#> T 0.2189198 0.2055504 0.1625216 0.08080016 0.1366754 0 0 0.4897287
#> [,9] [,10]
#> A 0.08588819 0.1653635
#> C 0.17245094 0.3025121
#> G 0.66013675 0.3397153
#> T 0.08152412 0.1924091
#>
#> $`MBD2_HUMAN.MCF-7`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1367170 0.08835430 0.1894209 0.2959436 0.0000000 0.0000000 0.2047405
#> C 0.3843587 0.40169448 0.2605661 0.2293034 0.7754481 0.4982802 0.2034864
#> G 0.3070122 0.41607545 0.4414128 0.2569434 0.2245519 0.5017198 0.4820822
#> T 0.1719121 0.09387577 0.1086001 0.2178096 0.0000000 0.0000000 0.1096909
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.3395096 0.3464482 0.2956277 0.2042426
#> C 0.1647216 0.2257275 0.2909011 0.2794159
#> G 0.2314511 0.1737813 0.2327298 0.2672533
#> T 0.2643178 0.2540429 0.1807414 0.2490881
#>
#> $MEF2A_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2695297 0.1876062 0.13838674 0.0000000 0.90682376 0.40909601 0.49587334
#> C 0.1456823 0.1237867 0.59638905 0.2276565 0.00000000 0.00000000 0.00000000
#> G 0.2923094 0.3706283 0.07281102 0.0000000 0.00000000 0.03949009 0.01234998
#> T 0.2924786 0.3179788 0.19241319 0.7723435 0.09317624 0.55141390 0.49177668
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.451720180 0.49068190 0.13699809 0.6898539 0.18828298 0.3051381
#> C 0.008152583 0.07489115 0.00000000 0.0000000 0.07073708 0.3837947
#> G 0.000000000 0.00000000 0.03645181 0.3101461 0.58752001 0.1387280
#> T 0.540127238 0.43442696 0.82655010 0.0000000 0.15345994 0.1723392
#>
#> $MEF2B_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2664460 0.2195516 0.1396930 0.07915014 0.15172274 0.1504559 0.2372286
#> C 0.2459168 0.2513616 0.5256530 0.21319800 0.62032876 0.2294146 0.2534644
#> G 0.2456162 0.2859754 0.1967504 0.58850106 0.21308098 0.4572040 0.2576185
#> T 0.2420211 0.2431114 0.1379035 0.11915079 0.01486752 0.1629255 0.2516884
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2730926 0.2822523 0.2597281 0.2550572 0.2485670 0.2387176 0.2188962
#> C 0.2230050 0.2363151 0.2548530 0.2241893 0.2605558 0.2694971 0.2724494
#> G 0.2480637 0.2330673 0.2222993 0.2676477 0.2220547 0.2580908 0.2838884
#> T 0.2558386 0.2483654 0.2631196 0.2531059 0.2688225 0.2336946 0.2247661
#>
#> $MEF2C_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2641125 0.1792053 0.12807037 0.0000000 0.90160942 0.400347392 0.49213759
#> C 0.1430396 0.1312325 0.60830376 0.2417468 0.01602566 0.003588229 0.00000000
#> G 0.3116906 0.3822920 0.08474499 0.0000000 0.00000000 0.049733796 0.01527213
#> T 0.2811573 0.3072702 0.17888088 0.7582532 0.08236492 0.546330583 0.49259028
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.4460399 0.48354408 0.13156329 0.6667274 0.17454756 0.2939271
#> C 0.0164319 0.08000218 0.01339048 0.0000000 0.07762998 0.3933041
#> G 0.0000000 0.01130362 0.05679646 0.3332726 0.60054117 0.1457218
#> T 0.5375282 0.42515012 0.79824977 0.0000000 0.14728129 0.1670470
#>
#> $MEF2D_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2369132 0.14735597 0.05545492 0.0000000 0.9867724631 0.37189091 0.48296999
#> C 0.1658083 0.09302414 0.83942791 0.1292431 0.0129124972 0.00000000 0.00000000
#> G 0.3419303 0.47821744 0.02246691 0.0000000 0.0000000000 0.06575996 0.01757095
#> T 0.2553482 0.28140246 0.08265026 0.8707569 0.0003150398 0.56234913 0.49945906
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.482166923 0.55478946 0.011810976 0.8648742 0.07872959
#> C 0.028246710 0.05327231 0.001110361 0.0000000 0.02935303
#> G 0.002005408 0.00000000 0.022043111 0.1351258 0.83008336
#> T 0.487580959 0.39193823 0.965035552 0.0000000 0.06183402
#>
#> $MEIS1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2429862 0.08017510 0.04090605 0.2004229 0.2147800 0.2338530 0.2286692
#> C 0.2157465 0.66972608 0.22339163 0.3171165 0.2446687 0.2244375 0.2302646
#> G 0.2996205 0.19286283 0.62421830 0.2304861 0.2653433 0.2936734 0.2234621
#> T 0.2416468 0.05723599 0.11148403 0.2519746 0.2752080 0.2480361 0.3176041
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.3179627 0.13100055 0.08278883 0.2368843 0.2526264
#> C 0.2300128 0.57454201 0.21429567 0.2543080 0.2596607
#> G 0.2333925 0.23553629 0.56295262 0.1888559 0.2900321
#> T 0.2186320 0.05892116 0.13996289 0.3199518 0.1976809
#>
#> $MEIS2_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3854291 0.23953198 0.14198670 0.93289841 0.08766066 0.2160132 0.23173314
#> C 0.1372445 0.08762660 0.08988969 0.03134089 0.14151797 0.0384379 0.07831707
#> G 0.2502223 0.03575983 0.67995720 0.00000000 0.09366039 0.1016703 0.22918703
#> T 0.2271041 0.63708159 0.08816641 0.03576070 0.67716098 0.6438786 0.46076275
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.9990680454 0.01586158 0.1713889 0.31547898 0.1589950 0.1559814
#> C 0.0000000000 0.24949404 0.1877194 0.08435149 0.4370624 0.3803639
#> G 0.0009319546 0.01616063 0.4557415 0.44255857 0.2067134 0.1681522
#> T 0.0000000000 0.71848375 0.1851503 0.15761096 0.1972292 0.2955025
#>
#> $MITF_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.05154836 0.008750774 0.83422923 0.01336532 0.1572494 0.02735840 0.01111348
#> C 0.09861545 0.902708394 0.01796405 0.82046376 0.0114689 0.07559431 0.08369790
#> G 0.07415001 0.067586023 0.10820694 0.01760432 0.8312817 0.02133315 0.87169500
#> T 0.77568618 0.020954809 0.03959978 0.14856660 0.0000000 0.87571414 0.03349362
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.80535048 0.02455435 0.1857141
#> C 0.05298053 0.57506319 0.3122373
#> G 0.09262324 0.07323636 0.3011201
#> T 0.04904574 0.32714610 0.2009286
#>
#> $MXI1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2879891 0.1495514 0.5819164 0 0 0.12735763 0.09653055 0.1717734
#> C 0.3153887 0.5591176 0.0499993 1 0 0.23935571 0.18456736 0.2347726
#> G 0.2213582 0.1864991 0.2517783 0 1 0.04951969 0.55636566 0.3244003
#> T 0.1752640 0.1048320 0.1163060 0 0 0.58376697 0.16253643 0.2690537
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.2366744 0.2123477 0.2147084 0.2065021 0.1882168 0.2356542 0.2329685
#> C 0.2418819 0.2874445 0.2897290 0.2874370 0.2780759 0.2728351 0.2547500
#> G 0.2589482 0.2514017 0.2769190 0.2969025 0.2889580 0.2818837 0.2978495
#> T 0.2624956 0.2488061 0.2186436 0.2091585 0.2447493 0.2096270 0.2144320
#>
#> $MYB_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2342826 0.2059502 0.1947775 0.42898681 0.5146418 0.01165273 0.08162960
#> C 0.2617890 0.2879950 0.3055737 0.06706711 0.1045230 0.93126928 0.47684325
#> G 0.2774982 0.2701503 0.1609644 0.35036099 0.2122132 0.05707799 0.39992302
#> T 0.2264302 0.2359044 0.3386844 0.15358509 0.1686221 0.00000000 0.04160413
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.000000000 0.1357299 0.14813628 0.3411365 0.2212682
#> C 0.019510458 0.1865840 0.27866901 0.1387497 0.2402413
#> G 0.979451479 0.1034668 0.05835825 0.3387724 0.3391199
#> T 0.001038063 0.5742192 0.51483646 0.1813414 0.1993705
#>
#> $MZF1_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3726917 0.2780406 0.3043556 0.26267942 0.03976020 0.02483831 0.1230634
#> C 0.2074000 0.1643151 0.1245167 0.05654524 0.07834407 0.05718959 0.0000000
#> G 0.2091375 0.2537100 0.2014542 0.65045313 0.86306709 0.87625841 0.8769366
#> T 0.2107708 0.3039343 0.3696735 0.03032222 0.01882863 0.04171370 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.96272815 0.1369723 0.06281269 0.2647788 0.3000204 0.2231660
#> C 0.00000000 0.0934332 0.27495784 0.2406751 0.1977039 0.2511406
#> G 0.01381600 0.1056501 0.15318209 0.1918400 0.2473429 0.2167832
#> T 0.02345585 0.6639444 0.50904737 0.3027062 0.2549328 0.3089103
#>
#> $NANOG_HUMAN.H1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2030881 0.04109432 0.2791976 0.61906052 0.07844838 0.02965653 0.3894072
#> C 0.2698429 0.45213100 0.3912037 0.00000000 0.00000000 0.04550113 0.1263227
#> G 0.3076447 0.15992701 0.1242360 0.03996454 0.00000000 0.00000000 0.4842700
#> T 0.2194243 0.34684767 0.2053628 0.34097493 0.92155162 0.92484234 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.38564498 0.2616914 0.5192850 0.2676022 0.1320338 0.2550085 0.35056466
#> C 0.12922955 0.2527802 0.1459937 0.1589566 0.1775804 0.2765843 0.19428794
#> G 0.07594084 0.2005989 0.1265270 0.2471569 0.3329157 0.1820423 0.07663487
#> T 0.40918464 0.2849295 0.2081943 0.3262844 0.3574701 0.2863650 0.37851253
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.4509384 0.3961474 0.2657382
#> C 0.1843906 0.1107602 0.1870238
#> G 0.1019157 0.1410896 0.2089017
#> T 0.2627553 0.3520028 0.3383363
#>
#> $NDF1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2442557 0.2578069 0.00000000 0.0233379 0.66171681 0.45829288 0.04863652
#> C 0.2263445 0.2570475 0.71244338 0.4053379 0.06909377 0.04922461 0.22375064
#> G 0.3111352 0.2893783 0.09249836 0.4455204 0.21861454 0.04258344 0.07545800
#> T 0.2182645 0.1957673 0.19505826 0.1258038 0.05057488 0.44989907 0.65215484
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.11625008 0.19721739 0.1994480
#> C 0.45233865 0.09347766 0.2965148
#> G 0.40617698 0.70930496 0.2475110
#> T 0.02523428 0.00000000 0.2565263
#>
#> $NF2L2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3271012 0.3234748 0.2869572 0.1514824 0.1378946 0.33537997 0.0628487
#> C 0.2304071 0.2560752 0.2364917 0.2346606 0.2005453 0.48007558 0.1150767
#> G 0.1724440 0.1546780 0.2235491 0.1992977 0.5777464 0.16886387 0.0000000
#> T 0.2700477 0.2657720 0.2530019 0.4145593 0.0838138 0.01568058 0.8220746
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.06191902 0.88495671 0.04757502 0.04557826 0.09131760 0.85638174 0.01998201
#> C 0.03478413 0.02240723 0.42253382 0.02569700 0.84229229 0.00000000 0.17843166
#> G 0.80229514 0.01620453 0.48817415 0.01990735 0.02171347 0.11409532 0.41496607
#> T 0.10100171 0.07643153 0.04171701 0.90881739 0.04467664 0.02952294 0.38662026
#>
#> $NFAC3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1374785 0.06319495 0.1507441 0.3078994 0.3337442 0.2890700 0.2558421
#> C 0.4232279 0.44611974 0.2361436 0.2128826 0.1610452 0.2289898 0.2612246
#> G 0.3014109 0.41015469 0.4568145 0.2313225 0.1832024 0.2051732 0.2542144
#> T 0.1378827 0.08053062 0.1562979 0.2478955 0.3220081 0.2767670 0.2287188
#> [,8] [,9]
#> A 0.1364481 0.09812248
#> C 0.4488418 0.24192629
#> G 0.2482849 0.51404466
#> T 0.1664252 0.14590657
#>
#> $NFE2_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1864802 0.2138041 0.35297627 0.05073009 0.10266347 0.90897239 0.1145695
#> C 0.2350376 0.2131504 0.39359768 0.06750484 0.03512136 0.00000000 0.3874467
#> G 0.1993407 0.4529402 0.20056280 0.00000000 0.68492709 0.00000000 0.3762963
#> T 0.3791415 0.1201053 0.05286325 0.88176507 0.17728808 0.09102761 0.1216876
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.1058138 0.17536306 0.84267052 0.05480398 0.1176815 0.3881679
#> C 0.0000000 0.67498126 0.00000000 0.19520308 0.4697588 0.1935935
#> G 0.0000000 0.03487374 0.09414233 0.40450278 0.2021754 0.2326413
#> T 0.8941862 0.11478194 0.06318715 0.34549015 0.2103843 0.1855972
#>
#> $NFIA_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.08093012 0.06013461 0.00000000 0.04672922 0.26640531 0.3599813 0.2113410
#> C 0.34848501 0.03086853 0.00000000 0.05768316 0.64318868 0.2407918 0.3024655
#> G 0.06043478 0.16395142 0.97302049 0.89065098 0.07071428 0.1291746 0.2607666
#> T 0.51015009 0.74504544 0.02697951 0.00493664 0.01969173 0.2700522 0.2254268
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2451685 0.2266392 0.2686795 0.02253392 0.005691121 0.02293419 0.73765154
#> C 0.2546489 0.2605649 0.1303358 0.06623722 0.884280432 0.97706581 0.16985150
#> G 0.2559501 0.2995298 0.2418767 0.64506893 0.061437000 0.00000000 0.03413160
#> T 0.2442326 0.2132661 0.3591080 0.26615992 0.048591446 0.00000000 0.05836535
#> [,15]
#> A 0.51097025
#> C 0.06250819
#> G 0.34688457
#> T 0.07963699
#>
#> $NFIC_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2379565 0.2741091 0.2445659 0.2782110 0.2799260 0.3750186 0.32498055
#> C 0.1254679 0.2927078 0.2844727 0.2867707 0.1647313 0.1428426 0.06251628
#> G 0.2212954 0.1901370 0.1651121 0.1856387 0.3219679 0.1781070 0.14806290
#> T 0.4152803 0.2430461 0.3058493 0.2493795 0.2333747 0.3040318 0.46444027
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.54236655 0.106907253 0.08808382 0.94006377 0.1334151 0.09906993 0.33096200
#> C 0.14876952 0.005648486 0.04112873 0.00000000 0.3836041 0.00000000 0.47964276
#> G 0.03880952 0.000000000 0.54466287 0.00000000 0.3774775 0.00000000 0.08502158
#> T 0.27005442 0.887444261 0.32612457 0.05993623 0.1055033 0.90093007 0.10437366
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.6793238 0.27137274 0.3597878
#> C 0.0000000 0.08685651 0.2230172
#> G 0.1201475 0.18200031 0.1200074
#> T 0.2005287 0.45977045 0.2971876
#>
#> $NFYA_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1658573 0.0957373 0.31588532 0.3010791 0.000000000 0.0000000 0.68062132
#> C 0.3326037 0.4271733 0.21589879 0.1522197 0.995990747 0.7452204 0.06225270
#> G 0.2378332 0.2541461 0.40577862 0.3862869 0.000000000 0.2547796 0.19046129
#> T 0.2637058 0.2229434 0.06243727 0.1604143 0.004009253 0.0000000 0.06666468
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.75255911 0.00000000 0.1232382 0.3494148 0.1947789 0.2879063 0.2828466
#> C 0.05433932 0.11454425 0.4856220 0.1552179 0.2462589 0.3276096 0.1574133
#> G 0.05698481 0.06304085 0.2828485 0.4953673 0.4018054 0.2563704 0.4114261
#> T 0.13611675 0.82241491 0.1082913 0.0000000 0.1571568 0.1281138 0.1483140
#>
#> $NFYB_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1127080 0.32781050 0.2795709 0.00000000 0.0000000 0.69461068 0.78316822
#> C 0.3857768 0.20408794 0.1469887 0.97637233 0.8276917 0.03175006 0.01660183
#> G 0.2495805 0.37035748 0.3417639 0.00000000 0.1723083 0.17779808 0.04824206
#> T 0.2519347 0.09774408 0.2316765 0.02362767 0.0000000 0.09584119 0.15198789
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.00000000 0.1739372 0.36673000 0.2124192 0.2954887 0.2789792
#> C 0.09476096 0.4210624 0.17843703 0.2388628 0.2881797 0.1795755
#> G 0.02135654 0.2840810 0.44894479 0.3825356 0.2520130 0.3610902
#> T 0.88388249 0.1209194 0.00588818 0.1661823 0.1643186 0.1803551
#>
#> $NFYC_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1640217 0.09420511 0.33234641 0.3238085 0 0.0000000 0.72303755
#> C 0.3254268 0.41673665 0.20643330 0.1344386 1 0.7933526 0.04486987
#> G 0.2317429 0.25963883 0.40630375 0.3831869 0 0.2066474 0.17171839
#> T 0.2788086 0.22941941 0.05491654 0.1585660 0 0.0000000 0.06037419
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.82573220 0.00000000 0.1150697 0.3710911 0.1929418 0.3100658 0.2893374
#> C 0.03337624 0.09619987 0.5156031 0.1505617 0.2334241 0.3137310 0.1505920
#> G 0.03977667 0.03745812 0.2661021 0.4783473 0.4248508 0.2505100 0.4013862
#> T 0.10111489 0.86634201 0.1032250 0.0000000 0.1487832 0.1256932 0.1586844
#>
#> $NKX31_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2474539 0.2084118 0.2251908 0.2489453 0.1306453 0.0000000 0.1091870
#> C 0.2408738 0.2334436 0.2486351 0.2722537 0.5195206 0.1850455 0.5477396
#> G 0.2274960 0.2983456 0.2238448 0.2338444 0.2111291 0.6893261 0.2094446
#> T 0.2841763 0.2597990 0.3023292 0.2449565 0.1387050 0.1256284 0.1336288
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.1304754 0.2094632 0.2214551 0.2487673 0.2105521
#> C 0.2149630 0.2854128 0.2432656 0.2095626 0.2973966
#> G 0.5161231 0.2914570 0.2292792 0.2822942 0.2198852
#> T 0.1384384 0.2136671 0.3060001 0.2593760 0.2721662
#>
#> $NR2C1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3560827 0.07359383 0.07576998 0.1483164 0.00000000 0.0000000 0.00000000
#> C 0.1201981 0.52505987 0.08640022 0.1027282 0.86811867 0.8510873 0.03575215
#> G 0.2834046 0.17971539 0.17980837 0.1197568 0.09873011 0.1489127 0.96424785
#> T 0.2403146 0.22163091 0.65802142 0.6291986 0.03315122 0.0000000 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.06224881 0.1721077 0.1146611 0.1003597 0.3394694 0.3366298
#> C 0.17643225 0.1577141 0.1192616 0.4541312 0.2279307 0.2139099
#> G 0.72946100 0.4758619 0.3389587 0.2005870 0.2930741 0.3011427
#> T 0.03185793 0.1943162 0.4271186 0.2449221 0.1395258 0.1483176
#>
#> $NR2C2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.4315562 0.07949167 0.11988569 0.11127940 0.04994326 0.0000000 0.00000000
#> C 0.1005459 0.51713872 0.09824891 0.08625687 0.76814170 0.8712874 0.03216212
#> G 0.2947930 0.19816147 0.14352218 0.12141137 0.11341858 0.1287126 0.96783788
#> T 0.1731049 0.20520814 0.63834322 0.68105236 0.06849646 0.0000000 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.06017633 0.1738020 0.1563783 0.1138823 0.3697884
#> C 0.25009549 0.1635256 0.1343862 0.4322790 0.2159127
#> G 0.62135953 0.4409355 0.2917517 0.2175973 0.2862538
#> T 0.06836866 0.2217370 0.4174837 0.2362413 0.1280451
#>
#> $NR5A2_HUMAN.A549
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1803701 0.1270343 0.04916980 0.0000000 0.88536499 0.84661644 0.0000000 0
#> C 0.2256914 0.2635273 0.34690905 0.8999052 0.04101055 0.04485639 0.0817305 0
#> G 0.3660884 0.3095393 0.06887497 0.1000948 0.07362446 0.10852717 0.9182695 1
#> T 0.2278501 0.2998992 0.53504618 0.0000000 0.00000000 0.00000000 0.0000000 0
#> [,9] [,10] [,11]
#> A 0.13194792 0.00000000 0.54045648
#> C 0.32803689 0.84975542 0.08742855
#> G 0.04735234 0.03377462 0.27586616
#> T 0.49266286 0.11646996 0.09624881
#>
#> $NRF1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1945412 0.2857743 0.2446389 0.1356156 0.24504793 0.05532031 0.01192233
#> C 0.2971020 0.2571113 0.2731607 0.2559481 0.10566838 0.89183849 0.06742727
#> G 0.2448039 0.2397041 0.2367048 0.1883440 0.58472028 0.05284121 0.90772698
#> T 0.2635529 0.2174102 0.2454956 0.4200924 0.06456341 0.00000000 0.01292342
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.10216462 0.5039756 0.1187262 0.1799940 0.03601220 0.004884159 0.06532903
#> C 0.62300495 0.1924900 0.1934411 0.1047479 0.83572344 0.074538426 0.57571860
#> G 0.09990061 0.1943725 0.1922143 0.6018200 0.09010531 0.840664564 0.11253806
#> T 0.17492982 0.1091619 0.4956184 0.1134380 0.03815905 0.079912850 0.24641431
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.4164000 0.2485878 0.2251425
#> C 0.1877532 0.2390407 0.2364947
#> G 0.2596020 0.2746345 0.2561887
#> T 0.1362448 0.2377371 0.2821741
#>
#> $OSR2_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2669780 0.19813838 0.3774095 0.33744047 0.1473175 0.3920703 0.33461457
#> C 0.1194013 0.43800640 0.1174295 0.06049944 0.4857502 0.1072150 0.05381914
#> G 0.4296971 0.05880375 0.1452590 0.42892986 0.0229682 0.0853857 0.40828457
#> T 0.1839237 0.30505147 0.3599021 0.17313023 0.3439641 0.4153290 0.20328172
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.20867135 0.41424074 0.2716692 0.17165361 0.4040577 0.27559138 0.1750792
#> C 0.45749821 0.10677666 0.0300693 0.42985250 0.1316837 0.06379608 0.4166440
#> G 0.05301256 0.08331996 0.4813063 0.09888094 0.1172540 0.47947793 0.1040094
#> T 0.28081787 0.39566264 0.2169552 0.29961295 0.3470045 0.18113461 0.3042675
#> [,15] [,16]
#> A 0.3528985 0.2579979
#> C 0.1445530 0.1120220
#> G 0.1308978 0.4289948
#> T 0.3716507 0.2009853
#>
#> $OTX2_HUMAN.WTC11
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3135062 0.3076737 0.3183509 0.2214618 0.09092896 0.73956585 0.01151752
#> C 0.1924288 0.1531552 0.2224527 0.1107281 0.05410053 0.16684861 0.02114348
#> G 0.2648330 0.3149072 0.3323517 0.5592253 0.79889795 0.02957398 0.00000000
#> T 0.2292319 0.2242639 0.1268448 0.1085849 0.05607257 0.06401156 0.96733900
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.1031334 0.9481028 0.3634539 0.1515939
#> C 0.0000000 0.0000000 0.1106388 0.3169963
#> G 0.0000000 0.0000000 0.2914026 0.3370049
#> T 0.8968666 0.0518972 0.2345047 0.1944049
#>
#> $`OVOL1_HUMAN.MCF-7`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2397984 0.34427336 0.02681460 0.959333393 0.761142612 0 0.02018937
#> C 0.3314127 0.32956834 0.04737979 0.008264059 0.000000000 1 0.07895077
#> G 0.2502643 0.22792697 0.01637953 0.032402548 0.233000663 0 0.88357456
#> T 0.1785245 0.09823132 0.90942608 0.000000000 0.005856725 0 0.01728531
#> [,8] [,9]
#> A 0.01372697 0.2238929
#> C 0.01561272 0.1432958
#> G 0.94675005 0.1780031
#> T 0.02391025 0.4548082
#>
#> $PBX1_HUMAN.A549
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1484774 0.17192663 0.82081145 0.04195798 0.1026133 0.03187973 0.57700251
#> C 0.3333698 0.11138229 0.05881349 0.23659140 0.3037952 0.00000000 0.03528255
#> G 0.1157511 0.64752058 0.08802021 0.18644814 0.1685521 0.96812027 0.36361956
#> T 0.4024017 0.06917051 0.03235485 0.53500247 0.4250394 0.00000000 0.02409538
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.06078690 0.2777716 0.1303770
#> C 0.75352964 0.1970389 0.1945472
#> G 0.02488233 0.4080383 0.4879429
#> T 0.16080113 0.1171512 0.1871329
#>
#> $PBX2_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1979249 0.1848665 0.1867174 0.1818302 0.2293501 0.09065833 0.13819251
#> C 0.3227240 0.2921867 0.3392086 0.2717210 0.2706129 0.38836032 0.15834642
#> G 0.3127080 0.3052815 0.2465242 0.2885606 0.2425206 0.10484124 0.62933633
#> T 0.1666431 0.2176653 0.2275498 0.2578882 0.2575165 0.41614011 0.07412475
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.87742087 0.05281349 0.1004879 0 0.522865420 0.11747400 0.3040528
#> C 0.03285431 0.16401162 0.2177531 0 0.002180891 0.59713369 0.2222351
#> G 0.08972482 0.13952820 0.1337727 1 0.474953689 0.05733607 0.2903480
#> T 0.00000000 0.64364669 0.5479863 0 0.000000000 0.22805624 0.1833640
#> [,15]
#> A 0.1742089
#> C 0.2048507
#> G 0.4527978
#> T 0.1681426
#>
#> $PBX3_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1304101 0.10411873 0.83718730 0.04289516 0.09224676 0 0.624982703
#> C 0.2978506 0.10580462 0.05939604 0.25229796 0.26948586 0 0.029442307
#> G 0.1311014 0.74705560 0.10341665 0.19563092 0.18037384 1 0.336845265
#> T 0.4406379 0.04302104 0.00000000 0.50917596 0.45789354 0 0.008729725
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.01493253 0.3367359 0.1105590 0.1744152
#> C 0.80021638 0.1753086 0.2081593 0.3221684
#> G 0.01775938 0.3776078 0.5182179 0.3370603
#> T 0.16709171 0.1103478 0.1630638 0.1663561
#>
#> $PEBB_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1936428 0.1818393 0.08022738 0.01877678 0.04476938 0.0000000 0.000000000
#> C 0.2339921 0.3132343 0.20951081 0.04172801 0.56679616 0.1029038 0.000000000
#> G 0.2595118 0.1310366 0.12572623 0.92085446 0.02186409 0.8970962 0.993408647
#> T 0.3128534 0.3738898 0.58453557 0.01864075 0.36657037 0.0000000 0.006591353
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.0000000 0.1575194 0.3293734 0.2320938
#> C 0.1607046 0.2699908 0.1118648 0.2304721
#> G 0.1285971 0.1259512 0.2359601 0.2689053
#> T 0.7106982 0.4465386 0.3228017 0.2685287
#>
#> $PKNX1_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1565276 0.15863318 0.81519522 0.06738941 0.1078478 0.02121305 0.57123287
#> C 0.2920943 0.13602214 0.04644452 0.24806649 0.3166464 0.00000000 0.02456211
#> G 0.1446630 0.62022314 0.11404845 0.18297195 0.1769471 0.97878695 0.36017964
#> T 0.4067152 0.08512153 0.02431182 0.50157215 0.3985588 0.00000000 0.04402539
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.07499389 0.3162348 0.1402946 0.1864986
#> C 0.71401033 0.1889543 0.2026750 0.2883628
#> G 0.03636137 0.3616312 0.4642194 0.3235043
#> T 0.17463441 0.1331798 0.1928110 0.2016342
#>
#> $PO2F1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2053307 0.2178032 0.2815662 0.16500079 0.05250321 0.2237679 0.3173065
#> C 0.2793036 0.2396375 0.2289025 0.53977275 0.24001959 0.2554342 0.2110356
#> G 0.2517315 0.2499063 0.2537667 0.22761862 0.58814632 0.1992817 0.2544177
#> T 0.2636341 0.2926530 0.2357646 0.06760785 0.11933088 0.3215162 0.2172401
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.14077820 0.06343985 0.2245756 0.2990024 0.2516678 0.2165773 0.2562575
#> C 0.55008369 0.22106679 0.2650130 0.2395452 0.2798787 0.2444392 0.2345241
#> G 0.21661721 0.55559204 0.2240949 0.2435579 0.2631054 0.2910481 0.2678734
#> T 0.09252089 0.15990132 0.2863165 0.2178945 0.2053481 0.2479354 0.2413450
#> [,15] [,16]
#> A 0.2647353 0.2494578
#> C 0.2695244 0.2621133
#> G 0.2462881 0.2537154
#> T 0.2194523 0.2347135
#>
#> $PO2F2_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.4344498 0.1331022 0.53702261 0.008897944 0.04915294 0.02577218 0.779154019
#> C 0.1777317 0.1924480 0.05738384 0.204036835 0.00000000 0.92523664 0.016001682
#> G 0.2013112 0.0989727 0.05614560 0.020352056 0.92697136 0.00000000 0.195794722
#> T 0.1865072 0.5754771 0.34944796 0.766713165 0.02387570 0.04899118 0.009049577
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.35581315 0.58025663 0.1866442 0.2345825
#> C 0.05285670 0.09715892 0.1996817 0.2650219
#> G 0.05514026 0.18590600 0.1774516 0.2375666
#> T 0.53618989 0.13667845 0.4362226 0.2628290
#>
#> $PO5F1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2122640 0.3053766 0.2358594 0.1645317 0.2549575 0.1401476 0.1420441
#> C 0.2822369 0.2358325 0.2528992 0.2574643 0.1476955 0.5958769 0.1438888
#> G 0.2198817 0.2232279 0.2348367 0.1819084 0.4736723 0.1370779 0.5598248
#> T 0.2856174 0.2355630 0.2764048 0.3960957 0.1236747 0.1268976 0.1542423
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.2047924 0.4527519 0.1632538 0.1601162 0 0 0.1195807 0.4465292
#> C 0.4640664 0.1779552 0.1681513 0.1252126 1 0 0.5171322 0.1720805
#> G 0.1311982 0.1683973 0.1696043 0.5466429 0 1 0.1164948 0.2329952
#> T 0.1999430 0.2008956 0.4989905 0.1680282 0 0 0.2467924 0.1483951
#> [,16]
#> A 0.2778033
#> C 0.2174041
#> G 0.2516775
#> T 0.2531151
#>
#> $`PPARA_HUMAN.SK-N-SH`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.45976135 0.78474796 0.11908572 0.1187622 0.2829216 0.36811621 0.73237948
#> C 0.08415035 0.00000000 0.17452945 0.3159591 0.2390233 0.20739334 0.04150411
#> G 0.21684669 0.07872302 0.06641642 0.1665700 0.2222564 0.34641667 0.13384267
#> T 0.23924161 0.13652902 0.63996842 0.3987088 0.2557987 0.07807378 0.09227375
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0 0.2344881 0.70001243 0.2431351 0.2571092 0.2342779 0.2428124 0.2524877
#> C 0 0.1719488 0.00000000 0.2378151 0.2592405 0.2390023 0.2671439 0.2306034
#> G 0 0.0000000 0.08730804 0.2535739 0.3076653 0.2512225 0.2487711 0.2820926
#> T 1 0.5935632 0.21267953 0.2654759 0.1759850 0.2754974 0.2412726 0.2348163
#> [,16] [,17]
#> A 0.2402530 0.2702954
#> C 0.2641432 0.2500177
#> G 0.2267623 0.2068015
#> T 0.2688414 0.2728854
#>
#> $PPARG_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.4126218 0.4079537 0.1779987 0.1633339 0.3854462 0.12261483 0.1980376
#> C 0.2042718 0.1444452 0.3297351 0.1893167 0.1208689 0.05375774 0.1052752
#> G 0.1510097 0.1231389 0.2619575 0.1742755 0.3613009 0.64350351 0.5459431
#> T 0.2320968 0.3244622 0.2303087 0.4730739 0.1323840 0.18012392 0.1507441
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.1745781 0.1556954 0.74854098 0.56714574 0.67644656 0.09731873 0.10589040
#> C 0.2165761 0.4097817 0.10552029 0.07882347 0.06433986 0.02880574 0.01248575
#> G 0.2812790 0.1981246 0.07568589 0.21114002 0.23191422 0.82714571 0.62835728
#> T 0.3275668 0.2363983 0.07025284 0.14289077 0.02729936 0.04672982 0.25326657
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.05662265 0.1478823 0.5917994
#> C 0.13940496 0.4493171 0.1104159
#> G 0.18312392 0.1447793 0.1808789
#> T 0.62084848 0.2580213 0.1169058
#>
#> $`PRDM1_HUMAN.HeLa-S3`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2996228 0.4689808 0.5984598 0.71361669 0.04685938 0.13995865 0.06166785
#> C 0.1371966 0.1697870 0.1142787 0.04802753 0.02571062 0.07059778 0.00000000
#> G 0.4014553 0.1386041 0.1251171 0.16117563 0.80247035 0.13149972 0.93833215
#> T 0.1617254 0.2226281 0.1621444 0.07718014 0.12495965 0.65794385 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 1 0.94923415 1 0.000000000 0.00000000 0.1433927 0.4334801
#> C 0 0.00000000 0 0.003145262 0.10940798 0.1109481 0.1885020
#> G 0 0.05076585 0 0.941573657 0.07829897 0.5203709 0.1982071
#> T 0 0.00000000 0 0.055281081 0.81229305 0.2252883 0.1798108
#>
#> $PRDM6_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2637134 0.2369125 0.1121784 0.26327488 0.669031 0 0.79952 0.90038329
#> C 0.2016944 0.3222398 0.4435718 0.45161171 0.000000 0 0.00000 0.00000000
#> G 0.2878378 0.3540224 0.0000000 0.04562521 0.330969 0 0.00000 0.00000000
#> T 0.2467544 0.0868254 0.4442498 0.23948820 0.000000 1 0.20048 0.09961671
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.94363351 0.3816992 0.1962455 0.2437111 0.2635030
#> C 0.03398556 0.1594851 0.3645886 0.1917356 0.2172031
#> G 0.00000000 0.1167151 0.1256438 0.1909058 0.2345658
#> T 0.02238092 0.3421007 0.3135221 0.3736475 0.2847281
#>
#> $REL_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2345840 0.2471022 0.2341219 0.09632029 0.1054171 0.10515188 0.1693150
#> C 0.2681162 0.2571642 0.2422178 0.59828864 0.1596931 0.64807217 0.1489219
#> G 0.2346282 0.2357763 0.3034681 0.11931160 0.6325656 0.20308666 0.5326374
#> T 0.2626717 0.2599572 0.2201922 0.18607948 0.1023242 0.04368928 0.1491258
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2307457 0.2467514 0.2923519 0.2190418 0.2708307 0.2642009 0.2374932
#> C 0.2994154 0.2462107 0.2010180 0.2648458 0.2313134 0.2388608 0.2639176
#> G 0.2452502 0.2452721 0.2563853 0.2272681 0.2497105 0.2348748 0.2540159
#> T 0.2245886 0.2617658 0.2502447 0.2888443 0.2481454 0.2620636 0.2445733
#> [,15]
#> A 0.2501874
#> C 0.2608710
#> G 0.2720051
#> T 0.2169365
#>
#> $RELB_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2658703 0.1548905 0.10340319 0.31702814 0.40935387 0.3500548 0.2889849
#> C 0.2231129 0.1954510 0.12502704 0.01903457 0.08754544 0.2262807 0.1744555
#> G 0.2628074 0.4412779 0.70119099 0.56282828 0.35142793 0.1740827 0.1707041
#> T 0.2482094 0.2083807 0.07037878 0.10110901 0.15167275 0.2495818 0.3658555
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.1926061 0.14286784 0.05440605 0.1721961 0.2740883
#> C 0.2276338 0.39558409 0.61531359 0.4762114 0.2686541
#> G 0.1448561 0.02102579 0.02844039 0.1803032 0.2267483
#> T 0.4349040 0.44052229 0.30183997 0.1712893 0.2305093
#>
#> $RFX3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.07319286 0.01081514 0.01867764 0.066808538 0.14977375 0.000000000 0.0000000
#> C 0.54015595 0.00000000 0.05079630 0.323759559 0.05614236 0.910740034 0.7126075
#> G 0.27872340 0.98918486 0.06082944 0.008286082 0.64910939 0.006289879 0.0627290
#> T 0.10792779 0.00000000 0.86969662 0.601145821 0.14497450 0.082970087 0.2246634
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.66104736 0.1308184 0.11068486 0.119086355 0.1946458 0.58913464 0.71015799
#> C 0.09095982 0.1369229 0.07630288 0.123306560 0.5093051 0.04603133 0.18796459
#> G 0.12037501 0.1442258 0.81301227 0.749927951 0.1263751 0.30911708 0.06970401
#> T 0.12761780 0.5880329 0.00000000 0.007679134 0.1696740 0.05571694 0.03217340
#>
#> $RUNX1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1832210 0.08664156 0.01693664 0 0.000000 0.00000000 0 0.00000000
#> C 0.2014385 0.35962554 0.16085817 0 0.672193 0.01686731 0 0.10180450
#> G 0.2602371 0.05892970 0.05808769 1 0.000000 0.98313269 1 0.07054106
#> T 0.3551034 0.49480321 0.76411751 0 0.327807 0.00000000 0 0.82765444
#> [,9] [,10] [,11]
#> A 0.04942661 0.35767556 0.2467331
#> C 0.26822961 0.06836184 0.2390649
#> G 0.07181170 0.16686974 0.2919560
#> T 0.61053208 0.40709287 0.2222460
#>
#> $RUNX3_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2374732 0.2308278 0.1080888 0.000000000 0.04592024 0 0 0.000000000
#> C 0.1948613 0.2896410 0.0000000 0.000000000 0.36033573 0 0 0.023659377
#> G 0.2436804 0.1219327 0.0000000 0.992145663 0.00000000 1 1 0.009363902
#> T 0.3239851 0.3575986 0.8919112 0.007854337 0.59374403 0 0 0.966976721
#> [,9] [,10]
#> A 0.15276305 0.4189941
#> C 0.22938344 0.0323758
#> G 0.04629561 0.1651348
#> T 0.57155791 0.3834953
#>
#> $RXRA_1
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2697493 0.3313882 0.2300581 0.2481349 0.2156784 0.1861530 0.5600519
#> C 0.2068026 0.1634033 0.1533025 0.1453899 0.2220284 0.3822725 0.1873986
#> G 0.2023320 0.2721452 0.4060418 0.3401478 0.2383819 0.1393982 0.1010642
#> T 0.3211161 0.2330633 0.2105977 0.2663274 0.3239113 0.2921763 0.1514853
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.5160040 0.6250029 0.11860865 0.1719132 0.06669279 0.17468029 0.71928003
#> C 0.1039064 0.0000000 0.08154976 0.0000000 0.16962167 0.48826049 0.03600599
#> G 0.1998723 0.2111081 0.70744564 0.4460403 0.06201521 0.05011794 0.15134516
#> T 0.1802173 0.1638890 0.09239595 0.3820465 0.70167033 0.28694129 0.09336882
#>
#> $RXRB_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3085451 0.2939381 0.4373418 0.00000000 0.005665702 0.08358796 0.06394683
#> C 0.2688372 0.2303885 0.1636959 0.09450462 0.000000000 0.18731409 0.68093277
#> G 0.1979532 0.3027406 0.3989622 0.90549538 0.723314683 0.07478696 0.09378174
#> T 0.2246644 0.1729328 0.0000000 0.00000000 0.271019615 0.65431099 0.16133867
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.67342273 0.3106662 0.1969867
#> C 0.04885106 0.2457641 0.2560966
#> G 0.27772622 0.2377893 0.3078219
#> T 0.00000000 0.2057803 0.2390947
#>
#> $SIX1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1746412 0.01767665 0.37148481 0.80171037 0.92717239 0.10074696 0.2146927
#> C 0.1462266 0.03945649 0.06968911 0.06646382 0.07282761 0.47156213 0.3856396
#> G 0.2154402 0.84793933 0.04783054 0.00000000 0.00000000 0.05474832 0.1073431
#> T 0.4636920 0.09492753 0.51099554 0.13182581 0.00000000 0.37294259 0.2923246
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.07314082 0.127820233 0.946736283 0.1096984 0.49842715 0.09375562 0.1043772
#> C 0.32008612 0.002478427 0.000000000 0.1898639 0.39482633 0.57311945 0.3458441
#> G 0.12415919 0.724286468 0.007193015 0.2019391 0.05158594 0.09960067 0.3135379
#> T 0.48261388 0.145414873 0.046070702 0.4984987 0.05516058 0.23352426 0.2362408
#>
#> $SMAD3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2255327 0.3512072 0.1373160 0.1865120 0.1839508 0.1137438 0.0000000
#> C 0.2897996 0.1689120 0.3628822 0.1664688 0.1628795 0.4756853 0.8531274
#> G 0.2172902 0.2915928 0.2477515 0.1907658 0.1770508 0.2087571 0.1468726
#> T 0.2673775 0.1882881 0.2520503 0.4562534 0.4761189 0.2018138 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.0000000 0.1513009 0.2094163 0.2212875 0.1915000
#> C 0.1067991 0.2933116 0.2895397 0.2681371 0.2872379
#> G 0.8932009 0.4175316 0.2490062 0.3042343 0.2957899
#> T 0.0000000 0.1378559 0.2520378 0.2063410 0.2254723
#>
#> $SMAD4_HUMAN.WTC11
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.3530506 0.1711058 0.09183172 0.072072446 0.40921425 0.00000000 0.761587478
#> C 0.1626781 0.3409347 0.12754494 0.001077975 0.07291268 0.90960071 0.189950912
#> G 0.2518414 0.1872373 0.66622480 0.397015585 0.04007528 0.06799302 0.041168761
#> T 0.2324299 0.3007221 0.11439854 0.529833995 0.47779780 0.02240628 0.007292849
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0 0.10518987 0.6531000 0.000000000 0.0000000 0.3741293
#> C 0 0.79237668 0.0000000 0.992860495 0.7333566 0.2111046
#> G 1 0.01063759 0.2456831 0.007139505 0.1591507 0.2374162
#> T 0 0.09179586 0.1012170 0.000000000 0.1074927 0.1773499
#>
#> $SMCA5_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1005662 0.62241498 0.06439103 0.70521268 0.05244341 0.68342096 0.04261771
#> C 0.5154187 0.08486551 0.58181153 0.03944709 0.62444840 0.02637926 0.58318888
#> G 0.2438744 0.12048061 0.21867518 0.08613312 0.23919124 0.18861145 0.24677449
#> T 0.1401407 0.17223890 0.13512226 0.16920711 0.08391695 0.10158834 0.12741892
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.58317042 0.06205909 0.58039814 0.06114571 0.59354435 0.1141598 0.59632918
#> C 0.08369141 0.56226932 0.09123655 0.58678862 0.12006271 0.5423828 0.10252766
#> G 0.21785301 0.21297657 0.19703894 0.23046867 0.09957454 0.2221595 0.09927409
#> T 0.11528516 0.16269502 0.13132636 0.12159701 0.18681841 0.1212979 0.20186907
#> [,15]
#> A 0.14282991
#> C 0.55182547
#> G 0.21026766
#> T 0.09507696
#>
#> $`SNAI2_HUMAN.SK-N-SH`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.9844899 0.08797763 0.0989618 0.3195782 0.3882458 0.824402801 0
#> C 0.0000000 0.11162160 0.2993874 0.1957932 0.1983315 0.009731626 0
#> G 0.0000000 0.00000000 0.1712908 0.2026741 0.3085151 0.165865574 0
#> T 0.0155101 0.80040077 0.4303600 0.2819545 0.1049077 0.000000000 1
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.170122057 0.68135329 0.2723620
#> C 0.224849209 0.00000000 0.2348078
#> G 0.004444466 0.08359759 0.2436559
#> T 0.600584267 0.23504912 0.2491743
#>
#> $Sox13_secondary
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2656940 0.2822013 0.3164986 0.2880216 0.2367583 0.1971157 0.3778532
#> C 0.2428156 0.2214400 0.2323140 0.2573172 0.2693295 0.2637067 0.1343367
#> G 0.2007141 0.2262723 0.2064481 0.2102582 0.2407050 0.2688073 0.3291140
#> T 0.2907764 0.2700864 0.2447393 0.2444030 0.2532072 0.2703703 0.1586961
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.116843394 0.09535072 0.3471681 0.1680024 0.2977496 0.179569506 0.65690953
#> C 0.026010642 0.00000000 0.0000000 0.4067869 0.1220413 0.473481083 0.18970491
#> G 0.007738382 0.11751279 0.5379449 0.1081676 0.3982735 0.003851464 0.02249084
#> T 0.849407582 0.78713649 0.1148870 0.3170431 0.1819356 0.343097947 0.13089472
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.76972801 0.1592392 0.2744433
#> C 0.04923751 0.3412523 0.2896574
#> G 0.06762277 0.1521309 0.2412073
#> T 0.11341170 0.3473775 0.1946920
#>
#> $SOX5_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1268800 0.603061531 0.11679051 0 0 0.2668299 0.08194075 0.1901948
#> C 0.4253582 0.004223614 0.06212572 0 0 0.0000000 0.31841543 0.3845057
#> G 0.1697081 0.095309753 0.01682414 0 1 0.0000000 0.13986425 0.1770723
#> T 0.2780536 0.297405102 0.80425963 1 0 0.7331701 0.45977958 0.2482272
#>
#> $SPI1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.2992275 0.3848169 0.58557010 0.63540282 0.5894786 0.1638059 0.4377221 0
#> C 0.2482591 0.1867907 0.05568629 0.03654904 0.0000000 0.1810776 0.3550004 0
#> G 0.2460061 0.2667608 0.19257862 0.21029496 0.1383135 0.6551165 0.2072775 1
#> T 0.2065074 0.1616316 0.16616499 0.11775317 0.2722079 0.0000000 0.0000000 0
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15] [,16] [,17]
#> A 0 1 1 0.000000 0.03261149 0.05537506 0.2515181 0.2402558 0.2624495
#> C 0 0 0 0.192867 0.09465141 0.27683857 0.3027487 0.2647962 0.2180850
#> G 1 0 0 0.807133 0.00000000 0.63692121 0.3387795 0.2565611 0.2289927
#> T 0 0 0 0.000000 0.87273710 0.03086516 0.1069538 0.2383869 0.2904727
#>
#> $SRBP1_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1844264 0.33942044 0.1297403 0.06657239 0.46169424 0.0000000 0.0000000
#> C 0.3570304 0.16091167 0.1605598 0.52529700 0.09332271 0.8325076 0.1823364
#> G 0.2871476 0.41288774 0.1453055 0.29067525 0.31780669 0.1674924 0.8176636
#> T 0.1713956 0.08678015 0.5643944 0.11745536 0.12717636 0.0000000 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.1197192 0.13923021 0.5588555 0.09942139
#> C 0.3357681 0.28720679 0.1558885 0.37567912
#> G 0.1053196 0.52909195 0.1622535 0.16342510
#> T 0.4391931 0.04447105 0.1230025 0.36147439
#>
#> $SRF_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1983447 0.1602246 0.2224109 0.02900526 0.008286422 0.45953386 0.30903338
#> C 0.2279175 0.2482332 0.2658772 0.91182109 0.874566762 0.08079614 0.02900021
#> G 0.1859289 0.3091745 0.2840633 0.03425700 0.026613448 0.08725549 0.04311369
#> T 0.3878089 0.2823678 0.2276486 0.02491665 0.090533368 0.37241451 0.61885272
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.74389475 0.17946253 0.62803829 0.37220040 0.093675732 0.02114893 0.2277545
#> C 0.01853397 0.06052736 0.04155257 0.08287869 0.032493854 0.03167533 0.2829081
#> G 0.06240715 0.01900898 0.02621602 0.08228785 0.867712059 0.92365308 0.2611919
#> T 0.17516413 0.74100114 0.30419312 0.46263305 0.006118356 0.02352266 0.2281455
#> [,15] [,16] [,17] [,18]
#> A 0.2832939 0.3828370 0.2213506 0.2300319
#> C 0.3148824 0.1883973 0.2045424 0.2500429
#> G 0.2423716 0.2348698 0.2806101 0.3042813
#> T 0.1594521 0.1938959 0.2934969 0.2156439
#>
#> $SRY_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.04448098 0.0000000 0.000000000 0 0 0.2522052 0.2538095 0.2747880
#> C 0.73462551 0.5180898 0.004615318 1 0 0.2424655 0.2520332 0.2365198
#> G 0.10114951 0.4819102 0.959710402 0 1 0.2496888 0.2155274 0.3039514
#> T 0.11974401 0.0000000 0.035674280 0 0 0.2556405 0.2786299 0.1847408
#> [,9]
#> A 0.2643402
#> C 0.2919997
#> G 0.2275023
#> T 0.2161578
#>
#> $STA5B_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2427599 0.2109065 0.2311655 0.1204478 0.07026079 0.08499673 0.04120199
#> C 0.2113386 0.2184174 0.2262156 0.5685321 0.38858096 0.26019216 0.79087229
#> G 0.2240159 0.3143862 0.2163170 0.1024105 0.45538920 0.50521754 0.05839471
#> T 0.3218856 0.2562900 0.3263020 0.2086096 0.08576904 0.14959357 0.10953101
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.00000000 0.2419999 0.2601688 0.2891838 0.2114996
#> C 0.24730445 0.2584519 0.2132809 0.2003299 0.3263517
#> G 0.72420170 0.3115897 0.2041478 0.2982812 0.2067065
#> T 0.02849385 0.1879585 0.3224024 0.2122052 0.2554422
#>
#> $STAT6_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1961174 0.2115173 0.2285743 0.2907596 0.1489935 0 0.000000 0.17990125
#> C 0.3093647 0.3066614 0.2727382 0.2273789 0.4223703 1 0.187946 0.19539496
#> G 0.2775439 0.2961665 0.2648957 0.2752180 0.2669772 0 0.812054 0.54221034
#> T 0.2169740 0.1856548 0.2337918 0.2066435 0.1616590 0 0.000000 0.08249345
#> [,9] [,10] [,11]
#> A 0.5499522 0.4935823 0.2597085
#> C 0.1214700 0.2222289 0.2558723
#> G 0.1365225 0.1170947 0.3635722
#> T 0.1920553 0.1670940 0.1208471
#>
#> $STF1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1630239 0.1272465 0.11576142 0.09283366 0.83884677 0.77932117 0.072596161
#> C 0.1392927 0.1988459 0.26273870 0.76456469 0.07948951 0.01974735 0.007999155
#> G 0.5051527 0.3520999 0.06315168 0.10172988 0.04273804 0.12366826 0.871475574
#> T 0.1925307 0.3218077 0.55834819 0.04087177 0.03892568 0.07726322 0.047929110
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.02474503 0.17437535 0.03849407 0.5166681
#> C 0.04686226 0.29093748 0.66092189 0.0872520
#> G 0.85410413 0.07299103 0.01995912 0.2879864
#> T 0.07428858 0.46169613 0.28062493 0.1080935
#>
#> $SUH_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2014412 0.1644541 0.0000000 0.0000000 0.1269649 0.09491782 0.0414791
#> C 0.2652016 0.3460750 0.7129889 0.1509191 0.2981119 0.54568901 0.4129563
#> G 0.2384099 0.3001482 0.2870111 0.8490809 0.2442628 0.35652289 0.5455646
#> T 0.2949473 0.1893226 0.0000000 0.0000000 0.3306604 0.00287029 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.09775989 0.3793555 0.3735937 0.3167477
#> C 0.26055817 0.1952602 0.1929111 0.2621311
#> G 0.51312369 0.2343682 0.2216879 0.2367257
#> T 0.12855825 0.1910161 0.2118073 0.1843954
#>
#> $`TAF1_HUMAN.MCF-7`
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2913297 0.2392515 0.2377457 0.2592823 0.1640492 0.1886782 0.1485495
#> C 0.2051167 0.2693022 0.2469201 0.2095732 0.3523579 0.2670934 0.2531152
#> G 0.2605152 0.1972136 0.2656999 0.2888239 0.2087752 0.3304946 0.3790517
#> T 0.2430384 0.2942327 0.2496342 0.2423206 0.2748177 0.2137338 0.2192836
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.0000000 0.00000000 0.06644774 0.03346133 0.0000000 0.15242974 0.2352924
#> C 0.7980354 0.37871813 0.31862139 0.76223237 0.3836409 0.30086226 0.3765360
#> G 0.2019646 0.59991389 0.51405442 0.20430630 0.6163591 0.44806907 0.2030660
#> T 0.0000000 0.02136798 0.10087646 0.00000000 0.0000000 0.09863892 0.1851056
#> [,15] [,16]
#> A 0.2458504 0.2258312
#> C 0.2484538 0.2530715
#> G 0.3450766 0.3058155
#> T 0.1606192 0.2152818
#>
#> $TBX21_HUMAN.GM12878
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.3429064 0.2393977 0.2999895 0.31966946 0.5760863 0.20600299 0.10247393 0
#> C 0.1332565 0.2268652 0.1665400 0.05951642 0.0000000 0.07865035 0.00000000 0
#> G 0.3015045 0.2080510 0.3151640 0.31375899 0.2938935 0.44051367 0.80116980 0
#> T 0.2223326 0.3256860 0.2183065 0.30705513 0.1300202 0.27483300 0.09635627 1
#> [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.02776508 0.29970558 0.09382389 0.70712965 0.4906342
#> C 0.00000000 0.01343869 0.11881382 0.00000000 0.1129889
#> G 0.95778261 0.00000000 0.39402704 0.03357119 0.2354159
#> T 0.01445231 0.68685573 0.39333524 0.25929916 0.1609609
#>
#> $TCF7_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2611221 0.2338532 0.2783232 0.3053923 0.51154167 0.02011648 0.611710195
#> C 0.2593163 0.2839209 0.2487973 0.2431828 0.09827407 0.49026430 0.000000000
#> G 0.2553557 0.2621951 0.2571038 0.2799651 0.20932142 0.40182739 0.008715752
#> T 0.2242059 0.2200308 0.2157757 0.1714599 0.18086284 0.08779182 0.379574053
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.07306783 0.06059505 1 1 0.94459791 0.134720447 0.2523889 0.2782012
#> C 0.00000000 0.73548257 0 0 0.00000000 0.167932246 0.2641790 0.2658667
#> G 0.00000000 0.14096059 0 0 0.00000000 0.694777083 0.3758033 0.3046283
#> T 0.92693217 0.06296178 0 0 0.05540209 0.002570224 0.1076288 0.1513038
#> [,16]
#> A 0.2947888
#> C 0.2156035
#> G 0.2479631
#> T 0.2416446
#>
#> $TEAD1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.44420232 0.30994149 0.991209246 0.04288632 0.2289827 0.0302992 0.05944069
#> C 0.02515351 0.59511727 0.000000000 0.00000000 0.0000000 0.7442496 0.64830818
#> G 0.46169794 0.07873198 0.008790754 0.00000000 0.1362174 0.1082786 0.06702006
#> T 0.06894624 0.01620925 0.000000000 0.95711368 0.6347999 0.1171727 0.22523107
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.3563827 0.2084760 0.2087320 0.2341524 0.3166735
#> C 0.1474916 0.2119735 0.3070064 0.3378281 0.2117646
#> G 0.1882937 0.3787372 0.3150412 0.2715485 0.2379098
#> T 0.3078320 0.2008134 0.1692204 0.1564710 0.2336521
#>
#> $TEAD4_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.425619513 0.2634604 0.80896344 0.008974011 0.13353955 0.00000000 0.0000000
#> C 0.031299298 0.6314140 0.03842656 0.027967588 0.06254229 0.95780143 0.6838451
#> G 0.540601575 0.1051257 0.15261000 0.043669516 0.18203538 0.04219857 0.2157330
#> T 0.002479613 0.0000000 0.00000000 0.919388885 0.62188277 0.00000000 0.1004219
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.2978309 0.1601847 0.1639007 0.2256541 0.2981065 0.1675569
#> C 0.1529780 0.2692592 0.3415000 0.3422898 0.2436637 0.2767633
#> G 0.2769922 0.4371652 0.3839262 0.3164702 0.2700128 0.2600837
#> T 0.2721989 0.1333909 0.1106731 0.1155859 0.1882170 0.2955960
#>
#> $TF7L2_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.05695394 0.06324381 0.00000000 0.31740710 0.4224979 0.01573462 0.29183066
#> C 0.29181841 0.16124286 0.03324123 0.05810957 0.2826644 0.48175183 0.20422949
#> G 0.05222050 0.77551333 0.96675877 0.14681773 0.0864033 0.18370538 0.48645107
#> T 0.59900715 0.00000000 0.00000000 0.47766560 0.2084344 0.31880817 0.01748878
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> A 0.1870914 0.33067843 0.00000000 0.00000000 0.44536076 0.2965469
#> C 0.1039126 0.20072413 0.93997533 0.82895145 0.05718472 0.2812713
#> G 0.4161430 0.06614519 0.05001286 0.13270256 0.44601999 0.1413637
#> T 0.2928530 0.40245225 0.01001181 0.03834599 0.05143453 0.2808180
#>
#> $TFAP4_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
#> A 0.2912890 0.00000000 0.807549991 0.000000000 0.007946386 0.009151119
#> C 0.2897183 0.98145708 0.061875958 0.088581203 0.904928857 0.118976673
#> G 0.1302088 0.01854292 0.124306703 0.902540435 0.087124757 0.063760989
#> T 0.2887839 0.00000000 0.006267348 0.008878362 0.000000000 0.808111219
#> [,7] [,8] [,9] [,10]
#> A 0.00000000 0.3029399 0.1789639 0.2329169
#> C 0.01865713 0.1229754 0.2306714 0.2899918
#> G 0.98134287 0.2834021 0.2603378 0.2198622
#> T 0.00000000 0.2906826 0.3300268 0.2572291
#>
#> $TFDP1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2610969 0.2374622 0.2555073 0.2296282 0.1923402 0.1299764 0.04816801
#> C 0.2298440 0.2499593 0.2298121 0.2281900 0.3753667 0.2402952 0.75543342
#> G 0.2440765 0.2136959 0.2285777 0.2501748 0.2815663 0.4763356 0.14243249
#> T 0.2649825 0.2988826 0.2861028 0.2920070 0.1507269 0.1533929 0.05396608
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.01147949 0.1430071 0.1570034 0.3374323 0.3184045 0.3181442 0.2636990
#> C 0.23025936 0.4531813 0.2270283 0.2602881 0.2173643 0.2173145 0.2405157
#> G 0.75826115 0.2898347 0.4501038 0.1994927 0.2397424 0.2348855 0.2239223
#> T 0.00000000 0.1139769 0.1658645 0.2027869 0.2244888 0.2296558 0.2718630
#>
#> $TFE2_HUMAN.K562
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1642554 0.18096018 0.1945603 0.99807426 0.02019303 0.0000000 0.3260910
#> C 0.3581879 0.21270758 0.0000000 0.00000000 0.00000000 0.9586829 0.0417534
#> G 0.2575805 0.07918278 0.0000000 0.00192574 0.00000000 0.0413171 0.2498947
#> T 0.2199762 0.52714946 0.8054397 0.00000000 0.97980697 0.0000000 0.3822609
#> [,8] [,9] [,10] [,11]
#> A 0.2302231 0.2283097 0.2485690 0.2353034
#> C 0.2721117 0.2598406 0.2565017 0.2740783
#> G 0.2711901 0.2443939 0.2782998 0.2590697
#> T 0.2264752 0.2674558 0.2166295 0.2315487
#>
#> $TFE3_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2314777 0.3086228 0.09598875 0.003624867 0.59676123 0.000000000 0.1628352
#> C 0.2787354 0.1549590 0.19015641 0.911051176 0.08152212 0.853938142 0.0000000
#> G 0.2803199 0.4266741 0.19565761 0.085323957 0.19790679 0.001187043 0.8371648
#> T 0.2094670 0.1097441 0.51819723 0.000000000 0.12380986 0.144874815 0.0000000
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.15157976 0.00000000 0.4145574
#> C 0.22073129 0.06946374 0.2433269
#> G 0.07889281 0.91735622 0.2122562
#> T 0.54879615 0.01318004 0.1298594
#>
#> $THA_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.45438710 0.03038581 0.0000000 0.0402207 0.0731178 0.58477593 0.2246330
#> C 0.18305390 0.22581287 0.1201822 0.1800095 0.5913254 0.13514349 0.2806662
#> G 0.34389871 0.74380132 0.7331976 0.1772941 0.1648385 0.19609926 0.1887883
#> T 0.01866029 0.00000000 0.1466202 0.6024757 0.1707182 0.08398131 0.3059125
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.2053487 0.03387923 0.26118289 0.5122218 0.0000000 0.00000000 0.2636214
#> C 0.3174532 0.35354046 0.26900656 0.1994620 0.2108694 0.02988587 0.1772537
#> G 0.2402377 0.12310190 0.38700943 0.2883162 0.7891306 0.97011413 0.1126489
#> T 0.2369604 0.48947841 0.08280112 0.0000000 0.0000000 0.00000000 0.4464761
#> [,15] [,16] [,17]
#> A 0.0000000 0.58446827 0.2566834
#> C 0.7372866 0.14280860 0.2705833
#> G 0.1626927 0.20540084 0.2304259
#> T 0.1000207 0.06732229 0.2423074
#>
#> $TYY1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2163157 0.4911001 0.3532009 0.2268943 0.4845197 0.08042958 0.07282618
#> C 0.3453405 0.1222260 0.2226490 0.2717181 0.1157757 0.32450817 0.29609274
#> G 0.2264207 0.2544811 0.1218574 0.3260831 0.2566404 0.12054091 0.56432753
#> T 0.2119231 0.1321928 0.3022927 0.1753046 0.1430641 0.47452134 0.06675355
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.07244908 0.000000000 0.0000000 0.01653362 0.22996596
#> C 0.16861702 0.999064059 0.3711719 0.22218140 0.49572063
#> G 0.67193176 0.000935941 0.6288281 0.71293732 0.17449259
#> T 0.08700213 0.000000000 0.0000000 0.04834765 0.09982081
#>
#> $USF1_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2006562 0.25443431 0.09182606 0.00000000 0.84005277 0.0000000 0.09603791
#> C 0.2719083 0.16467023 0.23999996 0.93667199 0.02880032 0.8937189 0.01148874
#> G 0.3764411 0.51564386 0.12809903 0.06332801 0.13114690 0.0102407 0.89247335
#> T 0.1509944 0.06525159 0.54007495 0.00000000 0.00000000 0.0960404 0.00000000
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.00000000 0.00000000 0.53441154 0.06644428 0.1487729
#> C 0.13095216 0.05975867 0.13057581 0.51365087 0.3803327
#> G 0.02684837 0.94024133 0.24130150 0.16689773 0.2692580
#> T 0.84219947 0.00000000 0.09371116 0.25300712 0.2016364
#>
#> $ZBT14_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.1708070 0.2056384 0.1744445 0.21003577 0.05332968 0.12337235 0.04480855
#> C 0.3758324 0.1304700 0.4182823 0.09546992 0.77037150 0.05619257 0.77343197
#> G 0.2467871 0.5232378 0.1675075 0.59752690 0.02608281 0.74336141 0.04990175
#> T 0.2065735 0.1406538 0.2397657 0.09696741 0.15021601 0.07707367 0.13185773
#> [,8] [,9]
#> A 0.1790549 0.1276876
#> C 0.1082772 0.5057692
#> G 0.6096717 0.1370087
#> T 0.1029961 0.2295345
#>
#> $ZBT48_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.05956665 0.2955458 0.788110973 0.0000000 0.0000000 0 0.68706609
#> C 0.30555048 0.1862308 0.081988795 0.1285004 0.1206386 0 0.08410649
#> G 0.12853023 0.1027027 0.122492128 0.8714996 0.8793614 1 0.14008784
#> T 0.50635263 0.4155207 0.007408104 0.0000000 0.0000000 0 0.08873958
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.09743774 0.07808583 0.2110738 0.1859769 0.2273110
#> C 0.43235328 0.64529081 0.1564726 0.1418338 0.3859519
#> G 0.15473885 0.11075097 0.5256079 0.1958614 0.2492517
#> T 0.31547014 0.16587240 0.1068456 0.4763279 0.1374854
#>
#> $ZBT7A_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.1678512 0.3042617 0.0000000 0.0000000 0 0.05043131 0 0.0000000
#> C 0.2256424 0.1209201 0.2574883 0.2889703 0 0.14157572 1 0.3212838
#> G 0.4731445 0.5748182 0.7425117 0.7110297 1 0.14409114 0 0.4805710
#> T 0.1333619 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0 0.66390184 0 0.1981452
#> [,9]
#> A 0.1896611
#> C 0.4468450
#> G 0.1510504
#> T 0.2124435
#>
#> $ZFX_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
#> A 0.03198044 0.1078889 0.4934474 0.0000000 0 0 0.0000000 0.00000000
#> C 0.44912397 0.2215366 0.2960289 0.4039716 0 1 0.8879215 0.01528579
#> G 0.31621539 0.2508953 0.2105237 0.5960284 1 0 0.1120785 0.88330733
#> T 0.20268019 0.4196791 0.0000000 0.0000000 0 0 0.0000000 0.10140687
#> [,9] [,10]
#> A 0.1603399 0.2069887
#> C 0.6095196 0.2243855
#> G 0.2301405 0.5686257
#> T 0.0000000 0.0000000
#>
#> $ZN281_HUMAN.HepG2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
#> A 0.1509448 0.09873162 0.0000000 0.00000000 0 0 0 0 0 0
#> C 0.1805025 0.08966332 0.0000000 0.00000000 0 0 0 0 0 0
#> G 0.3976923 0.53338863 0.7357246 0.94361467 1 1 1 1 1 1
#> T 0.2708604 0.27821644 0.2642754 0.05638533 0 0 0 0 0 0
#> [,11] [,12] [,13] [,14] [,15]
#> A 0.08515194 0.1710946 0.05581449 0.08140507 0.1871445
#> C 0.00000000 0.0000000 0.00000000 0.12238251 0.2044276
#> G 0.91484806 0.8289054 0.94418551 0.79621242 0.4731866
#> T 0.00000000 0.0000000 0.00000000 0.00000000 0.1352414
#>
#> $ZNF18_HUMAN.HEK293
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.2543214 0.05404228 0.02013010 0.066625827 0.10677028 0.11311261 0.59148728
#> C 0.1041003 0.00000000 0.06704038 0.000000000 0.06665454 0.00000000 0.09735526
#> G 0.3977526 0.90532045 0.00000000 0.931748097 0.01367982 0.87055914 0.00000000
#> T 0.2438257 0.04063727 0.91282951 0.001626076 0.81289537 0.01632825 0.31115745
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
#> A 0.56790505 0.07404551 0.1999174 0.1526179 0.1606201
#> C 0.03114983 0.45734121 0.2343292 0.2708157 0.1676213
#> G 0.30397104 0.10240176 0.3284430 0.3193825 0.3998219
#> T 0.09697409 0.36621152 0.2373104 0.2571840 0.2719368
#>
#> $ZSCAN4_secondary
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.56921948 0.08573324 0.57181388 0.06762396 0.59072973 0.04971844 0.59850857
#> C 0.09603331 0.62194050 0.07593253 0.65885858 0.04877252 0.71483614 0.02907218
#> G 0.21152139 0.09225499 0.24926089 0.07928793 0.26619349 0.05184178 0.28347890
#> T 0.12322582 0.20007127 0.10299270 0.19422952 0.09430426 0.18360365 0.08894035
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> A 0.03708530 0.59410448 0.04842324 0.57088619 0.06928700 0.55521700 0.1017881
#> C 0.75165903 0.03206479 0.73743536 0.04871968 0.69417469 0.06805467 0.6348623
#> G 0.04492112 0.29549590 0.06383533 0.28850720 0.08518403 0.26588133 0.1089169
#> T 0.16633455 0.07833483 0.15030607 0.09188692 0.15135428 0.11084700 0.1544328
#> [,15] [,16]
#> A 0.54652982 0.1268181
#> C 0.09087901 0.6032462
#> G 0.24250651 0.1188233
#> T 0.12008465 0.1511125
#>
# From a single SNPEffectMatrix
convertSEMsToPPMs(sems(sc, "AP2B_HUMAN.SK-N-SH"))
#> [[1]]
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> A 0.02082115 0.000000000 0.06043672 0.10093925 0.1896069 0.4878503 0.27678081
#> C 0.39580656 0.937011474 0.74198731 0.30599836 0.2701164 0.1481640 0.01655612
#> G 0.51469618 0.055203153 0.00000000 0.08796814 0.2748862 0.2632443 0.61054403
#> T 0.06867611 0.007785372 0.19757598 0.50509425 0.2653905 0.1007415 0.09611905
#> [,8] [,9] [,10]
#> A 0.04768821 0.06081355 0.2510527
#> C 0.00000000 0.43987579 0.2871888
#> G 0.90984626 0.45983317 0.1987393
#> T 0.04246553 0.03947748 0.2630193
#>